2026/07/20 更新

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ノジマ　タカユキ
野島 孝之
Takayuki Nojima
所属
医学研究科 医科学専攻 生化学 主任教授
医学部 医学科
職名
主任教授
ホームページ
https://pol2-nascentrna.net/
外部リンク

研究キーワード

  • 転写終結

  • がんゲノム

  • オックスフォードナノポア

  • スプライシング阻害剤

  • RNA分解

  • 単純ヘルペスウイルス

  • 長鎖ノンコーディングRNA

  • RNA切断

  • インフルエンザウイルス

  • 転写

  • DNA損傷

  • 細胞老化

  • R ループ

  • RNAポリメラーゼII C末端ドメイン

  • 新生RNA

  • 哺乳類NET-seq法

  • RNAプロセシング

  • がん遺伝子変異

  • 未成熟転写終結

研究分野

  • ライフサイエンス / ゲノム生物学  / トランスクリプトミクス、エピジェネテクス、比較ゲノム転写、遺伝子間領域、転写開始点、転写終結点、RNA切断、RNA分解

  • ライフサイエンス / 分子生物学  / ゲノム転写、RNA、DNA損傷、がん、ウイルス感染

学歴

  • 東京医科歯科大学   生命情報科学教育部

    2004年4月 - 2006年3月

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  • 北里大学   大学院薬学研究科

    2001年4月 - 2003年3月

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  • 北里大学   薬学部   薬学科

    1997年4月 - 2001年3月

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    国名： 日本国

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経歴

  • 横浜市立大学   医学研究科   教授

    2026年4月 - 現在

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    国名：日本国

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  • 横浜市立大学   医学部   主任教授

    2026年4月 - 現在

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    国名：日本国

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  • 九州大学   生体防御医学研究所   独立准教授

    2021年2月 - 2026年3月

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    国名：日本国

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  • オックスフォード大学   サーウイリアムダン病理学研究所   シニアリサーチフェロー

    2014年10月 - 2021年1月

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  • オックスフォード大学   サーウイリアムダン病理学研究所   ポスドク

    2010年9月 - 2014年9月

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  • 東京医科歯科大学   疾患生命研究部   特任助教

    2006年4月 - 2010年8月

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所属学協会

  • 日本分子生物学会

    2026年4月 - 現在

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  • 日本生化学会

    2023年1月 - 現在

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  • 日本RNA学会

    2022年6月 - 現在

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論文

  • PUF60 is a Critical Regulator of PKM Splicing During Myogenesis. 査読 国際誌

    So Masaki, Takayuki Nojima, Takako Oshiro-Ideue, Asami Suenaga, Akihide Takeuchi, Isao Kii, Kenji Suzuki, Satoshi Tanaka, Masatoshi Hagiwara, Naoyuki Kataoka

    Molecular and cellular biology   1 - 16   2026年7月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Pyruvate kinase M (PKM) catalyzes the conversion of phosphoenolpyruvate to pyruvate in glycolysis and exists as two splice isoforms, PKM1 and PKM2, generated from alternative splicing of mutually exclusive exons 9 or 10, respectively. The expression balance between PKM1 and PKM2 is tightly regulated in a cell-type-specific manner. PKM1 is predominantly expressed in tissues such as skeletal muscle, heart, and brain, whereas PKM2 is prevalent in most other tissues and various cancer cells. Despite its importance, the trans-acting factors promoting exon 9 selection in a tissue-specific context remain largely unknown. Here, using a multi-color splicing reporter system for cell-based cDNA screening, we identified PUF60 as a novel trans-acting factor that promotes PKM1-type splicing. We also demonstrated that PUF60 induction and the resulting splicing switch are essential for myotube formation during C2C12 differentiation. This study establishes PUF60 as a critical regulator of muscle-specific splicing and provides new insights into the fundamental mechanisms governing skeletal muscle differentiation.

    DOI： 10.1080/10985549.2026.2699151

    PubMed

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  • SETD2 methyltransferase activity promotes correct transcription initiation and termination 査読 国際誌

    Magda Kopczyńska, Chihiro Nakayama, Agata Stępień, Shoko Ito, Koshi Imami, Michał R Gdula, Takayuki Nojima, Kinga Kamieniarz-Gdula

    EMBO Reports   2026年3月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    SETD2 is a methyltransferase responsible for depositing histone H3 lysine 36 trimethylation (H3K36me3). Loss of its enzymatic activity occurs in some cancers, including renal cell carcinoma. SETD2 mutations have been linked to delayed transcription termination but have not been explored in depth. Here, using nascent transcriptomics in SETD2 knockout and patient-derived cells, we reveal a dichotomy in SETD2 functions depending on the affected protein-coding gene. The majority of genes, named class I, are dependent on SETD2 function for transcription initiation, yet terminate transcription in the usual locations. In contrast, for class II genes, corresponding to 15-25% of active protein-coding genes, transcription initiation is robust in absence of SETD2 activity; however, widespread transcriptional readthrough occurs. Defective termination following SETD2 loss/mutation is associated with increased cryptic transcription initiation and impaired 3' pre-mRNA cleavage. Additionally, alternative polyadenylation upon SETD2 activity loss is highly cell type specific, and no relationship with transcription readthrough was observed. We demonstrate that methyltransferase activity of SETD2 stimulates proper initiation, prevents cryptic initiation and promotes efficient 3' end processing, however, it does so indirectly.

    DOI： 10.1038/s44319-026-00744-1

    PubMed

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  • NELF prevents transcriptional readthrough into DNA replication zones in cancer cells. 査読 国際誌

    Chihiro Nakayama, Qi Fang, Yasukazu Daigaku, Yuki Aoi, Shoko Ito, Mami Takahashi, Reo Shimatani, Tamiko Minamisawa, Yagiz Ozturk, Hiroshi Kimura, Ali Shilatifard, Michael Tellier, Takayuki Nojima

    EMBO reports   2026年2月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Regulation of RNA polymerase II (Pol II) transcription is closely associated with cell proliferation. However, it remains unclear how the Pol II transcription program is rewired in cancer to promote uncontrolled growth. Here, we find that expression of NELFCD, a known negative transcription elongation factor, is upregulated in colorectal tumors. Auxin-dependent protein degradation of NELF-C in combination with nascent transcript sequencing demonstrates a direct role of NELF-C on Pol II transcription in this cancer. Strikingly, we demonstrate that the acute loss of NELF-C protein globally redistributes termination factors and perturbs Pol II transcription termination. These changes drive pervasive Pol II transcription into DNA replication zones, leading to transcription-replication conflict that may block the cell cycle in G1 or early S phase. Our findings reveal a previously unrecognized role of NELF in transcription termination and highlight NELF as a potential therapeutic target in colorectal cancer.

    DOI： 10.1038/s44319-026-00700-z

    PubMed

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  • DNA-directed termination of mammalian RNA polymerase II 査読 国際誌

    Lee Davidson, Jérôme O Rouvière, Rui Sousa-Luís, Takayuki Nojima, Nicholas Proudfoot, Torben Heick Jensen, Steven West

    Genes and Development   38 ( 21-24 )   998 - 1019   2024年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    <jats:title>ABSTRACT</jats:title><jats:p>The best-studied mechanism of eukaryotic RNA polymerase II (RNAPII) transcriptional termination involves polyadenylation site-directed cleavage of the nascent RNA. The RNAPII-associated cleavage product is then degraded by XRN2, dislodging RNAPII from the DNA template. In contrast, prokaryotic RNAP and eukaryotic RNAPIII often terminate directly at T-tracts in the coding DNA strand. Here, we demonstrate a similar and omnipresent capability for mammalian RNAPII. XRN2- and T-tract-dependent termination are independent - the latter usually acting when XRN2 cannot be engaged. We show that T-tracts terminate snRNA transcription, previously thought to require the Integrator complex. Importantly, we find genome-wide termination at T-tracts in promoter-proximal regions, but not within protein-coding gene bodies. XRN2-dependent termination dominates downstream of protein-coding genes, but the T-tract process is sometimes employed. Overall, we demonstrate global DNA-directed attrition of RNAPII transcription, suggesting that RNAPs retain the potential to terminate over T-rich sequences throughout evolution.</jats:p>

    DOI： 10.1101/2024.06.01.596947

    PubMed

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  • NELF coordinates Pol II transcription termination and DNA replication initiation

    Chihiro Nakayama, Yasukazu Daigaku, Yuki Aoi, Qi Fang, Hiroshi Kimura, Ali Shilatifard, Michael Tellier, Takayuki Nojima

    BioRxiv   2024年2月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1101/2024.01.31.578294

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  • PTBP1-activated co-transcriptional splicing controls epigenetic status of pluripotent stem cells 査読

    Camilla Iannone, Yaroslav Kainov, Anna Zhuravskaya, Fursham Hamid, Takayuki Nojima, Eugene V. Makeyev

    Molecular Cell   2023年1月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier BV  

    DOI： 10.1016/j.molcel.2022.12.014

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  • CDK9 and PP2A regulate RNA polymerase II transcription termination and coupled RNA maturation. 査読 国際誌

    Michael Tellier, Justyna Zaborowska, Jonathan Neve, Takayuki Nojima, Svenja Hester, Marjorie Fournier, Andre Furger, Shona Murphy

    EMBO reports   23 ( 10 )   e54520   2022年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    CDK9 is a kinase critical for the productive transcription of protein-coding genes by RNA polymerase II (pol II). As part of P-TEFb, CDK9 phosphorylates the carboxyl-terminal domain (CTD) of pol II and elongation factors, which allows pol II to elongate past the early elongation checkpoint (EEC) encountered soon after initiation. We show that, in addition to halting pol II at the EEC, loss of CDK9 activity causes premature termination of transcription across the last exon, loss of polyadenylation factors from chromatin, and loss of polyadenylation of nascent transcripts. Inhibition of the phosphatase PP2A abrogates the premature termination and loss of polyadenylation caused by CDK9 inhibition, indicating that this kinase/phosphatase pair regulates transcription elongation and RNA processing at the end of protein-coding genes. We also confirm the splicing factor SF3B1 as a target of CDK9 and show that SF3B1 in complex with polyadenylation factors is lost from chromatin after CDK9 inhibition. These results emphasize the important roles that CDK9 plays in coupling transcription elongation and termination to RNA maturation downstream of the EEC.

    DOI： 10.15252/embr.202154520

    PubMed

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  • Mechanisms of lncRNA biogenesis as revealed by nascent transcriptomics 招待 査読

    Takayuki Nojima, Nick J. Proudfoot

    Nature Reviews Molecular Cell Biology   2022年6月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

    DOI： 10.1038/s41580-021-00447-6

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    その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41580-021-00447-6

  • POINT technology illuminates the processing of polymerase-associated intact nascent transcripts. 査読 国際誌

    Rui Sousa-Luís, Gwendal Dujardin, Inna Zukher, Hiroshi Kimura, Carika Weldon, Maria Carmo-Fonseca, Nick J Proudfoot, Takayuki Nojima

    Molecular cell   2021年5月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Mammalian chromatin is the site of both RNA polymerase II (Pol II) transcription and coupled RNA processing. However, molecular details of such co-transcriptional mechanisms remain obscure, partly because of technical limitations in purifying authentic nascent transcripts. We present a new approach to characterize nascent RNA, called polymerase intact nascent transcript (POINT) technology. This three-pronged methodology maps nascent RNA 5' ends (POINT-5), establishes the kinetics of co-transcriptional splicing patterns (POINT-nano), and profiles whole transcription units (POINT-seq). In particular, we show by depletion of the nuclear exonuclease Xrn2 that this activity acts selectively on cleaved 5' P-RNA at polyadenylation sites. Furthermore, POINT-nano reveals that co-transcriptional splicing either occurs immediately after splice site transcription or is delayed until Pol II transcribes downstream sequences. Finally, we connect RNA cleavage and splicing with either premature or full-length transcript termination. We anticipate that POINT technology will afford full dissection of the complexity of co-transcriptional RNA processing.

    DOI： 10.1016/j.molcel.2021.02.034

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  • Enhancers predominantly regulate gene expression during differentiation via transcription initiation. 査読 国際誌

    Martin S C Larke, Ron Schwessinger, Takayuki Nojima, Jelena Telenius, Robert A Beagrie, Damien J Downes, A Marieke Oudelaar, Julia Truch, Bryony Graham, M A Bender, Nicholas J Proudfoot, Douglas R Higgs, Jim R Hughes

    Molecular cell   2021年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Gene transcription occurs via a cycle of linked events, including initiation, promoter-proximal pausing, and elongation of RNA polymerase II (Pol II). A key question is how transcriptional enhancers influence these events to control gene expression. Here, we present an approach that evaluates the level and change in promoter-proximal transcription (initiation and pausing) in the context of differential gene expression, genome-wide. This combinatorial approach shows that in primary cells, control of gene expression during differentiation is achieved predominantly via changes in transcription initiation rather than via release of Pol II pausing. Using genetically engineered mouse models, deleted for functionally validated enhancers of the α- and β-globin loci, we confirm that these elements regulate Pol II recruitment and/or initiation to modulate gene expression. Together, our data show that gene expression during differentiation is regulated predominantly at the level of initiation and that enhancers are key effectors of this process.

    DOI： 10.1016/j.molcel.2021.01.002

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  • CDK12 globally stimulates RNA polymerase II transcription elongation and carboxyl-terminal domain phosphorylation 査読

    Tellier, M., Zaborowska, J., Caizzi, L., Mohammad, E., Velychko, T., Schwalb, B., Ferrer-Vicens, I., Blears, D., Nojima, T., Cramer, P., Murphy, S.

    Nucleic Acids Research   48 ( 14 )   2020年6月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    DOI： 10.1093/nar/gkaa514

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  • SCAF4 and SCAF8, mRNA Anti-Terminator Proteins 査読

    Gregersen, L.H., Mitter, R., Ugalde, A.P., Nojima, T., Proudfoot, N.J., Agami, R., Stewart, A., Svejstrup, J.Q.

    Cell   177 ( 7 )   2019年5月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cell.2019.04.038

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  • Selective Roles of Vertebrate PCF11 in Premature and Full-Length Transcript Termination 査読

    Kamieniarz-Gdula, K., Gdula, M.R., Panser, K., Nojima, T., Monks, J., Wi?niewski, J.R., Riepsaame, J., Brockdorff, N., Pauli, A., Proudfoot, N.J.

    Molecular Cell   74 ( 1 )   158 - 172.e9   2019年4月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.molcel.2019.01.027

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  • Deregulated Expression of Mammalian lncRNA through Loss of SPT6 Induces R-Loop Formation, Replication Stress, and Cellular Senescence 査読

    Nojima, T., Tellier, M., Foxwell, J., Ribeiro de Almeida, C., Tan-Wong, S.M., Dhir, S., Dujardin, G., Dhir, A., Murphy, S., Proudfoot, N.J.

    Molecular Cell   72 ( 6 )   2018年11月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.molcel.2018.10.011

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  • RNA Polymerase II Phosphorylated on CTD Serine 5 Interacts with the Spliceosome during Co-transcriptional Splicing 査読

    Nojima, T., Rebelo, K., Gomes, T., Grosso, A.R., Proudfoot, N.J., Carmo-Fonseca, M.

    Molecular Cell   72 ( 2 )   369 - 379.e4   2018年10月

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.molcel.2018.09.004

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  • Mitochondrial double-stranded RNA triggers antiviral signalling in humans 査読

    Ashish Dhir, Somdutta Dhir, Lukasz S. Borowski, Laura Jimenez, Michael Teitell, Agnès Rötig, Yanick J. Crow, Gillian I. Rice, Darragh Duffy, Christelle Tamby, Takayuki Nojima, Arnold Munnich, Manuel Schiff, Claudia Ribeiro de Almeida, Jan Rehwinkel, Andrzej Dziembowski, Roman J. Szczesny, Nicholas J. Proudfoot

    Nature   560 ( 7717 )   238 - 242   2018年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41586-018-0363-0

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  • Influenza Virus Mounts a Two-Pronged Attack on Host RNA Polymerase II Transcription 査読

    Bauer, D.L.V., Tellier, M., Mart{\'i}nez-Alonso, M., Nojima, T., Proudfoot, N.J., Murphy, S., Fodor, E.

    Cell Reports   23 ( 7 )   2119 - 2129.e3   2018年5月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.celrep.2018.04.047

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  • Distinctive Patterns of Transcription and RNA Processing for Human lincRNAs 査読

    Margarita Schlackow, Takayuki Nojima, Tomas Gomes, Ashish Dhir, Maria Carmo-Fonseca, Nick J. Proudfoot

    Molecular Cell   65 ( 1 )   25 - 38   2017年1月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.molcel.2016.11.029

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  • Mammalian NET-seq analysis defines nascent RNA profiles and associated RNA processing genome-wide 査読

    Takayuki Nojima, Tomas Gomes, Maria Carmo-Fonseca, Nicholas J. Proudfoot

    Nature Protocols   11 ( 3 )   413 - 428   2016年3月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/nprot.2016.012

    Web of Science

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  • Mammalian NET-Seq Reveals Genome-wide Nascent Transcription Coupled to RNA Processing 査読

    Takayuki Nojima, Tomas Gomes, Ana Rita Fialho Grosso, Hiroshi Kimura, Michael J. Dye, Somdutta Dhir, Maria Carmo-Fonseca, Nicholas J. Proudfoot

    Cell   161 ( 3 )   526 - 540   2015年4月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cell.2015.03.027

    Web of Science

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  • Definition of RNA Polymerase II CoTC Terminator Elements in the Human Genome 査読

    Takayuki Nojima, Martin Dienstbier, Shona Murphy, Nicholas J. Proudfoot, Michael J. Dye

    Cell Reports   3 ( 4 )   1080 - 1092   2013年4月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.celrep.2013.03.012

    Web of Science

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  • Herpesvirus protein ICP27 switches PML isoform by altering mRNA splicing 査読

    Takayuki Nojima, Takako Oshiro-Ideue, Hiroto Nakanoya, Hidenobu Kawamura, Tomomi Morimoto, Yasushi Kawaguchi, Naoyuki Kataoka, Masatoshi Hagiwara

    Nucleic Acid Research   37 ( 19 )   6515 - 6527   2009年10月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gkp633

    Web of Science

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  • Spliceostatin A targets SF3b and inhibits both splicing and nuclear retention of pre-mRNA 査読

    Daisuke Kaida, Hajime Motoyoshi, Etsu Tashiro, Takayuki Nojima, Masatoshi Hagiwara, Ken Ishigami, Hidenori Watanabe, Takeshi Kitahara, Tatsuhiko Yoshida, Hidenori Nakajima, Tokio Tani, Sueharu Horinouchi, Minoru Yoshida

    NATURE CHEMICAL BIOLOGY   3 ( 9 )   576 - 583   2007年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/nchembio.2007.18

    Web of Science

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  • The interaction between cap-binding complex and RNA export factor is required for intronless mRNA export 査読

    Takayuki Nojima, Tetsuro Hirose, Hiroshi Kimura, Masatoshi Hagiwara

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   282 ( 21 )   15645 - 15651   2007年5月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1074/jbc.M700629200

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  • eIF2D promotes 40S ribosomal subunit recycling during intrinsic ribosome destabilization. 査読 国際誌

    Kazuya Ichihara, Taichi Shiraishi, Yuhei Chadani, Yuki Kito, Chisa Shiraishi, Mina Hirata, Yuta Takahashi, Akinao Kobo, Atsushi Hatano, Masaki Matsumoto, Kodai Machida, Hiroaki Imataka, Atsushi Toyoda, Emi Mishiro-Sato, Takayuki Nojima, Takuhiro Ito, Hideki Taguchi, Keiichi I Nakayama, Akinobu Matsumoto

    Nucleic acids research   53 ( 22 )   2025年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Although eukaryotic initiation factor 2D (eIF2D) is implicated in translation initiation, reinitiation, and ribosome recycling, its precise role remains unclear. Here, we show that eIF2D promotes 40S ribosome recycling during intrinsic ribosome destabilization (IRD), a process in which ribosomes stochastically destabilize while translating proteins with consecutive acidic amino acids at their NH2-terminus. Unrecycled 40S ribosomes accumulate in eIF2D-deficient cells, leading to 80S ribosome stalling. Selective translation complex profiling (TCP-seq) reveals that eIF2D preferentially associates with IRD-prone regions. The winged helix domain, unique to eIF2D but absent in MCTS1-DENR, enhances its binding to 40S subunits, but likely clashes with ABCE1 during stop-codon-associated recycling. Loss of eIF2D reduces the expression of IRD-inducing proteins, including splicing factors. Together, these findings define a previously unappreciated role for eIF2D in 40S recycling and clarify its mechanistic divergence from the MCTS1-DENR complex.

    DOI： 10.1093/nar/gkaf1322

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  • Single-molecule multimodal timing of in vivo mRNA synthesis

    BioRxiv   2025年4月

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  • Defining gene ends: RNA polymerase II CTD threonine 4 phosphorylation marks transcription termination regions genome-wide. 査読 国際誌

    Magda Kopczyńska, Upasana Saha, Anastasiia Romanenko, Takayuki Nojima, Michał R Gdula, Kinga Kamieniarz-Gdula

    Nucleic acids research   53 ( 2 )   2025年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Defining the beginning of a eukaryotic protein-coding gene is relatively simple. It corresponds to the first ribonucleotide incorporated by RNA polymerase II (Pol II) into the nascent RNA molecule. This nucleotide is protected by capping and maintained in the mature messenger RNA (mRNA). However, in higher eukaryotes, the end of mRNA is separated from the sites of transcription termination by hundreds to thousands of base pairs. Currently used genomic annotations only take account of the end of the mature transcript - the sites where pre-mRNA cleavage occurs, while the regions in which transcription terminates are unannotated. Here, we describe the evidence for a marker of transcription termination, which could be widely applicable in genomic studies. Pol II termination regions can be determined genome-wide by detecting Pol II phosphorylated on threonine 4 of its C-terminal domain (Pol II CTD-T4ph). Pol II in this state pauses before leaving the DNA template. Up to date this potent mark has been underused because the evidence for its place and role in termination is scattered across multiple publications. We summarize the observations regarding Pol II CTD-T4ph in termination regions and present bioinformatic analyses that further support Pol II CTD-T4ph as a global termination mark in animals.

    DOI： 10.1093/nar/gkae1240

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  • Simultaneous studies of gene expression and alternative polyadenylation in primary human immune cells 査読 国際誌

    655   349 - 399   2021年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/bs.mie.2021.04.004

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  • RBM24 promotes U1 snRNP recognition of the mutated 5 ' splice site in the IKBKAP gene of familial dysautonomia 査読

    Kenji Ohe, Mayumi Yoshida, Akiko Nakano-Kobayashi, Motoyasu Hosokawa, Yukiya Sako, Maki Sakuma, Yukiko Okuno, Tomomi Usui, Kensuke Ninomiya, Takayuki Nojima, Naoyuki Kataoka, Masatoshi Hagiwara

    RNA   23 ( 9 )   1393 - 1403   2017年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1261/rna.059428.116

    Web of Science

    PubMed

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  • Rectifier of aberrant mRNA splicing recovers tRNA modification in familial dysautonomia 査読

    Mayumi Yoshida, Naoyuki Kataoka, Kenjyo Miyauchi, Kenji Ohe, Kei Iida, Suguru Yoshida, Takayuki Nojima, Yukiko Okuno, Hiroshi Onogi, Tomomi Usui, Akihide Takeuchi, Takamitsu Hosoya, Tsutomu Suzuki, Masatoshi Hagiwaraa

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   112 ( 9 )   2764 - 2769   2015年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1073/pnas.1415525112

    Web of Science

    PubMed

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  • Single-Cell Detection of Splicing Events with Fluorescent Splicing Reporters 査読

    Hidehito Kuroyanagi, Akihide Takeuchi, Takayuki Nojima, Masatoshi Hagiwara

    Alternative pre-mRNA Splicing: Theory and Protocols   298 - 309   2012年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：論文集(書籍)内論文   出版者・発行元：Wiley-VCH  

    DOI： 10.1002/9783527636778.ch28

    Scopus

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  • Splicing Reporter Mice Revealed the Evolutionally Conserved Switching Mechanism of Tissue-Specific Alternative Exon Selection 査読

    Akihide Takeuchi, Motoyasu Hosokawa, Takayuki Nojima, Masatoshi Hagiwara

    PLOS ONE   5 ( 6 )   e10946   2010年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0010946

    Web of Science

    PubMed

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  • Splicing reporter mice revealed the evolutionally conserved switching mechanism of tissue-specific alternative splicing. PLOS One 5, e10946

    Takeuchi A, Hosokawa M, Nojima T, Hagiwara M

    2010年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • Cross-talks between transcription and post-transcriptional events within a 'mRNA factory' 査読

    Masatoshi Hagiwara, Takayuki Nojima

    JOURNAL OF BIOCHEMISTRY   142 ( 1 )   11 - 15   2007年7月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語  

    DOI： 10.1093/jb/mvm123

    Web of Science

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書籍等出版物

  • Go-No-Go：RNA はどこまで転写される？

    中山千尋, 野島孝之（ 担当： 共著）

    実験医学・羊土社  2025年 

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  • 新生RNA解析技術からわかるncRNAの転写反応

    中山千尋, 野島孝之（ 担当： 共著）

    実験医学増刊  2024年9月 

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  • 哺乳類におけるRNAポリメラーゼIIのC末端ドメインのリン酸化を介する転写と共役したスプライシングの機構

    野島孝之（ 担当： 単著）

    ライフサイエンス新着論文レビュー  2018年11月 

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  • ヒトにおけるmRNA前駆体とlincRNAの異なる運命

    野島孝之

    ライフサイエンス新着論文レビュー  2017年 

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  • 留学で壁を打ち破る

    野島孝之

    日本RNA学会 寄稿  2016年 

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  • 哺乳類NET-seq法：RNAプロセシングと共役した新生転写反応の網羅的解析

    野島孝之

    ライフサイエンス新着論文レビュー  2015年 

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  • 次世代新生RNAワールドへ

    野島孝之

    動的クロマチン構造と機能、News letter  2015年 

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  • RNAスプライシングの可視化による創薬スクリーニング

    野島孝之, 萩原正敏

    細胞工学  2010年 

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  • ウイルスによるスプライシング暗号の利用と撹乱

    野島孝之, 萩原正敏

    実験医学（増刊）  2009年 

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  • 遺伝子発現を制御する non-coding RNA

    野島孝之, 萩原正敏

    細胞工学  2006年 

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MISC

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講演・口頭発表等

  • 新生RNAエンド 招待

    野島孝之

    RNAフロンティアミーティング2022 

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    開催年月日： 2022年10月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Transcription termination: Forgotten mechanism in RNA synthesis cycle 招待

    野島孝之

    熊本大学リエゾンラボ/HIGO最先端研究セミナー 

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    開催年月日： 2022年7月

    記述言語：英語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • 新生RNA解析で理解するゲノム転写 招待

    野島孝之

    金沢大学がん進展制御研究所 異分野融合セミナー  2022年1月 

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    開催年月日： 2022年1月

    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • POINTing toward transcription termination 招待

    野島孝之

    第30回 Hot Spring Harbor Symposium、クロマチン潜在能 合同国際シンポジウム  2022年1月 

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    開催年月日： 2022年1月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Catching mammalian RNA polymerase II in act

    野島孝之

    RIKEN SAKURA symposium  2017年 

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    記述言語：英語  

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  • Nascent RNA transcription capture by mammalian NET-seq 招待

    野島孝之

    Chromosome Biology Club, University of Oxford  2015年 

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    記述言語：英語  

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  • 新生RNAワールド：超高解像度で見るRNAポリメラーゼ II 転写制御 招待

    野島孝之

    富山RNA倶楽部  2017年12月 

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    記述言語：日本語  

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  • NETting mammalian RNA polymerase II in act 招待

    野島孝之

    RIKEN DGT seminar  2017年 

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    記述言語：英語  

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  • 活性化RNAポリメラーゼ II 転写マシーナリーを捉える 招待

    野島孝之

    理研セミナー（和光）  2017年12月 

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    記述言語：日本語  

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  • Catch RNA polymerase II in transcription cycle 招待

    Takayuki Nojima

    第35回 Tokyo RNA Club  2023年11月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 新生RNAから理解する 転写サイクル 招待

    野島孝之

    横浜市立大学医学部セミナー  2024年8月 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • Pol II transcription termination in cancer 招待

    野島孝之

    Department Seminar,  2024年5月 

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    記述言語：英語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • RNA Polymerase II転写とヒストン修飾 招待

    野島孝之

    第18回日本エピジェネティクス研究会  2025年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Ending Pol II transcription in cancer 招待

    野島孝之

    日本分子生物学会ASBMB-MBSJ合同シンポジウム  2024年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 転写終結による RNA転写とDNA複製の棲み分け 招待

    野島孝之

    日本分子生物学会  2023年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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  • 新生RNA解析から理解するゲノム転写サイクル制御 招待

    第, 回サテライトシンポジウム」RNA, が制御する多様な生命機能

    2023年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 出来立てのRNAを 調べて分かるゲノム作動 招待

    野島孝之

    慶應薬学サイヤンスセミナー  2024年1月 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • Ending RNA messages in cancer cells 招待

    Takayuki Nojima

    がん研究所セミナー  2024年1月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • The orchestration of transcription and coupled RNA processing 招待

    第44回 日本分子生物学会  2020年12月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 新生RNAライフサイクルを理解する 招待

    野島孝之

    金沢創発数理セミナー  2022年4月 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • NELF restricts deleterious readthrough RNAs in replicating cells

    野島孝之

    日本RNA学会  2023年7月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Mechanism of Co-transcriptional RNA splicing 招待

    野島孝之

    生命科学ネットワークシンポジウム 2021  2021年11月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • End of RNA synthesis 招待

    野島孝之

    第94回 日本生化学会 ジェットラグシンポジウム  2021年11月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Terminating RNA synthesis in mammalian cells 招待

    Takayuki Nojima

    OIST seminar  2023年7月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 転写終結異常と長鎖非コードRNA産生 招待

    野島孝之

    日本生化学会  2025年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • リードスルーRNA転写による 細胞周期の停止 招待

    野島孝之

    日本生化学会  2023年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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  • 非コードRNA産生を監視する転写終結 招待

    野島孝之

    日本分子生物学会  2025年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 新生RNA一塩基解像度解析から見えてくるRNAポリメラーゼII転写制御機構 招待

    野島孝之

    日本大学文理学部生命科学科セミナー 、細胞核機能の発現と制御  2017年 

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    記述言語：日本語  

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  • ノンコーディング転写制御 招待

    野島孝之

    IFOM (Milan, Italy) lecture  2019年5月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Regulation of noncoding transcription for genome maintenace 招待

    野島孝之

    CRUK Beatson lecture  2018年10月 

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    記述言語：英語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • Noncoding transcription and genotoxic stress 招待

    野島孝之

    東大理学系研究科生物化学専攻 セミナー  2019年8月 

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    記述言語：英語  

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  • Noncoding transcription regulation 招待

    野島孝之

    ケンブリッジ大学生化学分野セミナー  2019年7月 

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    記述言語：英語  

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  • Long noncoding transcription and genome stability 招待

    野島孝之

    MRC London Medical Sciences (LMS) synposium  2018年5月 

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    記述言語：英語  

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  • Regulating Pol II transcription for genome stability 招待

    野島孝之

    Department seminar, WIMM University of Oxford  2018年3月 

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    記述言語：英語  

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  • Noncoding transcription and genome maintenance 招待

    野島孝之

    RIKEN IMS symposium  2018年8月 

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    記述言語：英語  

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  • Deregulated expression of lncRNA induces R-loop associated DNA damage and cellular senescence

    野島孝之

    CSHL, Regulatory & ncRNA  2018年7月 

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    記述言語：英語  

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  • Intact nascent RNA-seq reveals RNA cleavage-mediated transcription termination

    Takayuki Nojima

    CSHL meeting, Regulatory & Non-Coding RNA  2020年5月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • RNAプロセシングと共役したゲノム転写機構 招待

    野島孝之

    九州大学 生体防御医学研究所セミナー  2019年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Catch RNA polymerase II in act; Genome-wide analysis of nascent RNA in mammalian cells 招待

    野島孝之

    21st Tokyo RNA Club  2016年 

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    記述言語：英語  

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  • Catch RNA polymerase II in act; Genome-wide nascent RNA analysis in mammalian cells 招待

    野島孝之

    Max Planck Institute symposium  2016年 

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    記述言語：英語  

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受賞

  • ISPF International collaboration Award

    2024年3月   The Royal Society   Dissecting transcription termination addiction in cancer

    Michael Tellier, Takayuki Nojima

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  • 文部科学大臣表彰 科学技術賞（研究）

    2023年4月   文部科学省   超高解像度新生RNA解析法の開発とゲノム転写制御の研究

    野島孝之

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  • ベストポスター賞

    2018年2月   RNA society UK  

    野島孝之

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  • Exceptional Achievement Award

    2015年   オックスフォード大学  

    野島孝之

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  • 海外留学助成リサーチアワード

    2013年   公益財団法人 かなえ医薬振興財団  

    野島孝之

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  • 海外留学リサーチフェロー

    2010年   上原記念生命科学財団  

    野島孝之

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  • スーパースチュウデントシップ

    2004年   東京医科歯科大学 21世紀COE「歯と骨」  

    野島孝之

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共同研究・競争的資金等の研究課題

  • タンパク質コード遺伝子に埋め込まれた非コード攪乱RNAの産生機構と細胞機能

    研究課題/領域番号：26H01586  2026年4月 - 2028年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  学術変革領域研究(A)

    野島 孝之

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    担当区分：研究代表者 

    配分額：4940000円 （ 直接経費：3800000円 、 間接経費：1140000円 ）

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  • Dissecting transcription termination addiction in cancer

    2024年4月 - 2028年3月

    The Royal Society  ISPF International Collaboration Award (UK-JAPAN) 

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    担当区分：研究代表者 

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  • 細胞ストレスよる転写終結制御破綻メカニズムの解明

    2024年4月 - 2027年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業（基盤Ｂ） 

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  • 転写終結機構の解明とそれ由来生体代謝物の医学的応用

    2024年1月 - 2024年12月

    公益財団法人 アステラス病態代謝研究会  研究助成 

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  • がん機能性⾮コードRNAの発現を左右する転写終結機構の分⼦解剖と医学的応⽤

    2023年12月

    公益財団法人 内藤記念科学振興財団  研究助成 

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  • 非コードRNA産生を制御する転写終結機構の解明

    2023年2月

    公益財団法人 三菱財団  自然科学研究助成 

    野島孝之

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    担当区分：研究代表者 

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  • 非コードRNA異常産生を防ぐ転写終結機構の解明

    2022年12月 - 2023年12月

    上原記念生命科学財団  2022年度 研究助成金 生命科学部門 

    野島孝之

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  • 非コードRNA機能を調節する転写終結機構の解明

    2022年11月

    公益財団法人 武田科学振興財団  生命科学研究助成 

    野島孝之

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    担当区分：研究代表者 

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  • 遺伝⼦代謝産物の⻑さを決定する未成熟転写終結機構の解明

    2022年11月

    公益財団法人 住友財団  基礎科学研究助成 

    野島孝之

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    担当区分：研究代表者 

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  • 未成熟転写終結を介する非コードRNA代謝物の産生機構と生物学的機能の解明

    2022年10月

    公益財団法⼈ ⾦原⼀郎医学医療振興財団  基礎医学医療研究助成金 

    野島孝之

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    担当区分：研究代表者 

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  • 非コードRNA発現をON/OFFにする転写終結機構の解明とその医学的応用

    2022年7月

    公益財団法人 第一三共生命科学研究振興財団  PIセットアップ研究助成 

    野島孝之

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    担当区分：研究代表者 

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  • がんクロマチン環境における非コードRNA産生機構の解明

    2022年4月 - 2025年3月

    金沢大学がん進展制御研究所  共同研究助成 

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  • 抗がん化合物で誘導される“未成熟”転写終結制御機構とそれ由来長鎖非コードRNAの生理学的機能解析

    2022年1月 - 2023年1月

    公益財団法人 高松宮妃癌研究基金  研究助成金 

    野島孝之

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    担当区分：研究代表者 

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  • 非コードRNAを創出するがん特異的な転写終結機構の解明

    2022年

    公益財団法人 ノバルティス科学振興財団  研究助成 

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  • ゲノム転写終結が制御する非コードRNA 産生機構の解明とその医学的応用

    2021年11月 - 2022年10月

    公益財団法人 持田記念医学薬学振興財団  持田記念研究助成 

    野島孝之

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    担当区分：研究代表者 

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  • 新生RNAライフサイクルを制御する転写終結機構の解明

    2021年4月 - 2028年3月

    JST  創発研究 

    野島孝之

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    担当区分：研究代表者 

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  • RNAプロセシングと共役するゲノム転写とその破綻機構の解明

    研究課題/領域番号：19K24692  2021年4月 - 2024年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  国際共同研究加速基金(帰国発展研究)

    野島 孝之

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    配分額：55770000円 （ 直接経費：42900000円 、 間接経費：12870000円 ）

    本研究では、細胞核内で起こるRNA polymerase II (Pol II) 転写装置とRNAプロセシング装置のクロストークや非コードゲノム転写制御機構の解明を目標としている。また、RNAプロセシング機構が破綻している骨髄異形性症候群や腎臓がんなどの疾患細胞モデルを用いて、その異常ゲノム転写-RNAプロセシング制御を解析する。このアプローチにより、基礎的なゲノム転写制御機構とがん細胞増殖や細胞分化の解明に貢献する。
    <BR>
    本研究における第一目標は新生RNA一分子解析法（Polymerase-Intact Nascent Transcript、POINT法）の確立であった。この目標はすでに達成できおり、POINT法を用いて哺乳類細胞でのスプライシングキネティクスや二つのRNAプロセシング（スプライシング-3'end RNA切断）間制御機構を明らかにした（Sousa-Luis et al., Molecular Cell 2021）。
    <BR>
    また。転写終結機構の解析も順調であり、がんクロマチン環境下での転写終結破綻や抗がん剤処理下での未成熟転写終結由来の非コードRNAの解析をすすめている。2021年度は帰国後の研究室立ち上げに注力し、研究室設備を整備していた。本支援により基本的な実験設備等を整えることができた。それと同時に、非コードRNA転写制御に関する英文総説（Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2022）を執筆し、分野内で高い評価を得ている。国際共同研究も精力的に行い、二報がpreprintとして現在公開中である。

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  • 悪性腫瘍特異的なRNA選択的スプライシングを制御する抗がん剤の開発

    研究課題/領域番号：21200074  2009年 - 2011年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  新学術領域研究(研究課題提案型)

    野島 孝之

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    配分額：20930000円 （ 直接経費：16100000円 、 間接経費：4830000円 ）

    悪性腫瘍による死亡は増加し続け、2030年には世界で1140万人が悪性腫瘍で死亡すると予測されている。そのため、悪性腫瘍の画期的な治療法の確立は最優先で行われるべき研究のひとつであると考えられる。以前、申請者を含めたグループはRNAスプライシングを標的した抗がん剤候補化合物を報告しており(Nature Chem.Biol., 2007)、スプライシング制御は悪性腫瘍治療の新しいターゲットに成り得ると期待されている。申請者はRNA選択的スプライシング制御により、がん細胞特異的なスプライシングバリアントの生成を抑制することで、がん細胞の種類を問わず効果を発揮する、副作用の少ない画期的な抗がん剤の開発を目指している。最近、解糖系律速酵素のひとつであるピルビン酸キナーゼ(pyruvate kinase type-muscle : PKM)遺伝子の発現制御ががん細胞の増殖に密接に関係していることが報告されたことから、申請者はPKM遺伝子のスプライシングに注目し、研究を遂行してきた。PKM遺伝子はPKM1タンパク質とPKM2タンパク質という2つのアイソフォームを選択的スプライシングによって産生する。正常組織ではエクソン9を含むPKM1、ほとんど全てのがん組織ではエクソン10を含むPKM2が選択されるようになる。申請者は、それぞれのエクソンを選択した際に異なる蛍光タンパク質を発現するレポーターの構築に成功した。このPKMレポーターは、エクソン9を選択する時には緑色蛍光タンパク質GFPを、エクソン10を選択するときには赤色蛍光タンパク質RFPを発現するように設計されている。現在、このレポーターを安定的に発現するマウス筋芽細胞C2C12を樹立している。このPKMレポーター細胞と化合物ライブラリー(購入したFDA認可化合物ライブラリー約700種または東京医科歯科大学の低分子化合物ライブラリー約20,000種)を用いてスクリーニングを始める準備をしているところであり、GFP(正常細胞型)を発現させる化合物の取得を試みている。

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  • ヘルペスウイルス感染による宿主選択的スプライシング制御と免疫回避機構

    2008年4月 - 2010年3月

    独立行政法人日本学術振興会(JSPS)  若手研究(B) 

    野島孝之

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • DNA損傷により惹起されるゲノム変異非依存的な新規ネオアンチゲン発生機構の解明

    研究課題/領域番号：23K18232  2023年6月 - 2025年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究(萌芽)

    柴田 淳史, 野島 孝之

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    配分額：6500000円 （ 直接経費：5000000円 、 間接経費：1500000円 ）

    我々の最新の研究から、DNA損傷に伴うシグナル伝達がタンパク質翻訳を刺激し、HLA Class Iによって提示される抗原(ネオアンチゲン)産生を促進することが明らかになっている。これまでの常識では、DNA損傷後に提示される抗原は、ゲノム変異を起源とする変異型タンパク質に由来すると考えられていたため、ゲノム変異に依存しない本モデルは全く新しい概念である。本研究課題では、我々が提唱する新しい仮説「ゲノム変異非依存的な抗原（ネオアンチゲン）産生機構」の立証および分子機構解明を目的として、DNA損傷依存的な転写および翻訳開始点の変化を検出および解析を目的として研究を行った。今年度は、リボソームが結合するmRNA領域を網羅的に同定する手法であるリボソームプロファイリングを行い、DNA損傷後の翻訳開始点変化を解析した。本実験系では、DNA損傷誘導刺激としてX線使用し、X線照射一定時間後にリボソームプロファイリングを行った。翻訳開始点にリボソームを濃縮するために、サンプル回収直前にハリングトニンを処理した。リボソームフットプリントのライブラリーを調製し、次世代シーケンス後、ゲノムにマッピングしMetagene解析およびIGVによる可視化を行った。Metagene解析により、CDS内に3塩基周期毎のピークが認められることが確認できた。その結果、いくつかの遺伝子で翻訳開始点近傍のリードの分布パターンが変化する可能性が示唆された。今後は転写開始点の変化を可視化できるPOINT-seqと合わせてゲノム変異非依存的なネオアンチゲン産生機構を検証する。

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  • DNA複製・RNA転写コンフリクトのゲノム科学的解析

    研究課題/領域番号：23K27156  2023年4月 - 2026年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    大学 保一, 野島 孝之

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    配分額：18720000円 （ 直接経費：14400000円 、 間接経費：4320000円 ）

    本年度は、転写機構の変化に応じて、DNA複製機構が変化するかを検証するための実験系の構築を集中的に実施した。分担者（野島孝之准教授・九州大学）の研究によって、RNAポリメラーゼの制御因子であるNELF複合体の喪失は、転写への影響のみならず、細胞周期の進行にも強く影響を及ぼすことが示されている。このことから、 NELF複合体の機能喪失による転写制御不全は、転写によるＤＮＡ複製への干渉を増大させ、結果として、細胞周期の停止を引き起こすとの仮説を設定し、それを検証している。 NELF複合体の状態に応じて、複製フォークの開始・進行、DNAポリメラーゼの機能が、どのように変化するかを検証するために、NELFCD因子の迅速分解を誘導するシステムをPu-seq実験に使用する細胞株において作成した。現在までにPu-seq実験のデータをえる段階までに至ったはいないが、短期期間内に、この実験を完了できる見込みが立ったところである。

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  • イントロンレスRNAの核外輸送の分子メカニズム

    研究課題/領域番号：19390071  2007年 - 2008年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(B)  基盤研究(B)

    萩原 正敏, 野島 孝之

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    担当区分：研究分担者 

    配分額：18980000円 （ 直接経費：14600000円 、 間接経費：4380000円 ）

    タンパク質をコードするmRNAは核外に輸送されて翻訳されるため、mRNAの核外輸送は遺伝子発現の重要な制御ステップのひとつである。スプライシングされたmRNA上に形成されるEJC(exon junction complex)と呼ばれる複合体中のREF(RNA export factor)が、mRNAの核外輸送を担っているとのモデルが考えられている。最近我々は、mRNAのキャップ構造にもREFが結合することを見出した。REFのRNA結合部位を調べたところ、キャップ構造よりも100塩基下流の部位に結合することが示された。REFはDExD box型RNAヘリカーゼであるUAP56/BATと強固に2量体を形成していることから、UAP56によるRNPリモデリングが生じ、キャップ構造から下流のmRNA上へ移動する機構があるのかもしれない。REFはCBP20に主として結合していたが、この複合体にはSRPK1もカップリングしており、リン酸化制御を示唆するデータが得られた。このことは、キャップ構造によってRNA上に呼び込まれるREFがイントロンレスmRNAのスプライシングに依存しない核外輸送を担っている可能性を示している。
    また単純ヘルペスのmRNAはウイルスタンパク質ICP27がREFと相互作用することにより核外へ輸送されているが、我々の解析ではICP27は、PMLをコードするmRNAのスプライシングを制御するスプライシング調節因子としての機能を有することが判明した。ICP27のRNA認識機構は予想外に複雑であることが判明したので、CLIPと呼ばれる新しい研究手法でICP27の標的遺伝子転写産物の解析を進めた。このことは、ウイルス感染のより、感染細胞の特定のmRNAのスプライシングパターンが変化することを意味しており、極めて興味深い。

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  • ヘルペスウイルスRNAの核外輸送制御機構の解明

    研究課題/領域番号：19041027  2007年 - 2008年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 特定領域研究  特定領域研究

    萩原 正敏, 小野木 博, 野島 孝之

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    担当区分：研究分担者 

    配分額：7500000円 （ 直接経費：7500000円 ）

    単純ヘルペスウイルス2型(HSV-2 ; Herpes Simplex Virus type-2) は世界中に広く伝播しているDNAウイルスで、性器ヘルペスを主症状とする。HSV-2のウイルスゲノム複製は宿主細胞の核内で行われるが、HSV-2ゲノムは宿主染色体には組み込まれず、リング状となり、PML(promyelocytic leukemia protein, TRIM19)を主成分とするドット状の核内構造体ND10(PML body, POD) に取り込まれる。PMLのpre-mRNAは選択的スプライシングを受け7種のPMLアイソフォーム蛋白が産生される。我々はHSV-2感染によって、PNL pre-mRNAの選択的スプライシングが影響を受け、PML蛋白質のアイソフォームが変化することを見出した。すなわち、非感染状態の細胞ではI型とII型PMLが主に発現しているが、HSV-2感染細胞ではV型が主に発現する。この選択的スプライシングの変化をRFPの発現で可視化できるスプライシングレポーターを作成して培養細胞内に導入した。このレポーター細胞では、非感染状態の細胞はRFPが発現するが非感染細胞ではRFPの発現が消失しており、蛍光顕微鏡下で感染・非感染の識別が可能となった。このスプライシングレポーター細胞に種々のウイルス蛋白を発現させてウイルス由来のスプライシング制御因子を検索したところ、核外輸送蛋白ICP27がPML mRNAをII型からV型へ変換していることが判明した。ICP27のRNA認識機構は予想外に複雑であることが判明したので、CLIPと呼ばれる新しい研究手法でICP27の標的遺伝子転写産物の解析を進めている。

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