記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

CEP55 encodes centrosomal protein 55 kDa, which plays a crucial role in mitosis, particularly cytokinesis. Biallelic CEP55 variants cause MARCH syndrome (multinucleated neurons, anhydramnios, renal dysplasia, cerebellar hypoplasia and hydranencephaly). Here, we describe a Japanese family with two affected siblings harboring novel compound heterozygous CEP55 variants, NM_001127182: c.[1357 C > T];[1358 G > A] p.[(Arg453Cys)];[(Arg453His)]. Both presented clinically with typical lethal MARCH syndrome. Although a combination of missense and nonsense variants has been reported previously, this is the first report of biallelic missense CEP55 variants. These variants biallelically affected the same amino acid, Arg453, in the last 40 amino acids of CEP55. These residues are functionally important for CEP55 localization to the midbody during cell division, and may be associated with severe clinical outcomes. More cases of pathogenic CEP55 variants are needed to establish the genotype-phenotype correlation.

DOI： 10.1038/s10038-024-01298-7

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DOI： 10.20944/preprints202409.1911.v1

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Technologies for detecting structural variation (SV) have advanced with the advent of long-read sequencing, which enables the validation of SV at a nucleotide level. Optical genome mapping (OGM), a technology based on physical mapping, can also provide comprehensive SVs analysis. We applied long-read whole genome sequencing (LRWGS) to accurately reconstruct breakpoint (BP) segments in a patient with complex chromosome 6q rearrangements that remained elusive by conventional karyotyping. Although all BPs were precisely identified by LRWGS, there were two possible ways to construct the BP segments in terms of their orders and orientations. Thus, we also used OGM analysis. Notably, OGM recognized entire inversions exceeding 500 kb in size, which LRWGS could not characterize. Consequently, here we successfully unveil the full genomic structure of this complex chromosomal 6q rearrangement and cryptic SVs through combined long-molecule genomic analyses, showcasing how LRWGS and OGM can complement each other in SV analysis.

DOI： 10.1016/j.ygeno.2024.110894

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s10038-023-01206-5

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s10038-024-01219-8

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s10038-023-01217-2

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その他リンク： https://www.nature.com/articles/s10038-023-01217-2

担当区分：筆頭著者,　責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1093/nargab/lqae009

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s10038-023-01209-2

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

BACKGROUND: Charcot-Marie-Tooth disease type 1A (CMT1A) is one of the most common hereditary peripheral neuropathies caused by duplication of 1.5 Mb genome region including PMP22 gene. We aimed to correct the duplication in human CMT1A patient-derived iPS cells (CMT1A-iPSCs) by genome editing and intended to analyze the effect on Schwann cells differentiated from CMT1A-iPSCs. METHODS: We designed multiple gRNAs targeting a unique sequence present at two sites that sandwich only a single copy of duplicated peripheral myelin protein 22 (PMP22) genes, and selected one of them (gRNA3) from screening their efficiencies by T7E1 mismatch detection assay. AAV2-hSaCas9-gRNAedit was generated by subcloning gRNA3 into pX601-AAV-CMV plasmid, and the genome editing AAV vector was infected to CMT1A-iPSCs or CMT1A-iPSC-derived Schwann cell precursors. The effect of the genome editing AAV vector on myelination was evaluated by co-immunostaining of myelin basic protein (MBP), a marker of mature myelin, and microtubule-associated protein  2(MAP2), a marker of neurites or by electron microscopy. RESULTS: Here we show that infection of CMT1A-iPS cells (iPSCs) with AAV2-hSaCas9-gRNAedit expressing both hSaCas9 and gRNA targeting the tandem repeat sequence decreased PMP22 gene duplication by 20-40%. Infection of CMT1A-iPSC-derived Schwann cell precursors with AAV2-hSaCas9-gRNAedit normalized PMP22 mRNA and PMP22 protein expression levels, and also ameliorated increased apoptosis and impaired myelination in CMT1A-iPSC-derived Schwann cells. CONCLUSIONS: In vivo transfer of AAV2-hSaCas9-gRNAedit to peripheral nerves could be a potential therapeutic modality for CMT1A patient after careful examinations of toxicity including off-target mutations.

DOI： 10.1038/s43856-023-00400-y

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s10038-023-01187-5

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Life Science Alliance, LLC  

We discovered biallelic intragenic structural variations (SVs) inFGF12by applying long-read whole genome sequencing to an exome-negative patient with developmental and epileptic encephalopathy (DEE). We also found another DEE patient carrying a biallelic (homozygous) single-nucleotide variant (SNV) inFGF12that was detected by exome sequencing.FGF12heterozygous recurrent missense variants with gain-of-function or heterozygous entire duplication ofFGF12are known causes of epilepsy, but biallelic SNVs/SVs have never been described.FGF12encodes intracellular proteins interacting with the C-terminal domain of the alpha subunit of voltage-gated sodium channels 1.2, 1.5, and 1.6, promoting excitability by delaying fast inactivation of the channels. To validate the molecular pathomechanisms of these biallelicFGF12SVs/SNV, highly sensitive gene expression analyses using lymphoblastoid cells from the patient with biallelic SVs, structural considerations, andDrosophilain vivo functional analysis of the SNV were performed, confirming loss-of-function. Our study highlights the importance of small SVs in Mendelian disorders, which may be overlooked by exome sequencing but can be detected efficiently by long-read whole genome sequencing, providing new insights into the pathomechanisms of human diseases.

DOI： 10.26508/lsa.202302025

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

RAC1 at 7p22.1 encodes a RAC family small GTPase that regulates actin cytoskeleton organization and intracellular signaling pathways. Pathogenic RAC1 variants result in developmental delay and multiple anomalies. Here, exome sequencing identified a rare de novo RAC1 variant [NM_018890.4:c.118T > C p.(Tyr40His)] in a male patient. Fetal ultrasonography indicated the patient to have multiple anomalies, including persistent left superior vena cava, total anomalous pulmonary venous return, esophageal atresia, scoliosis, and right-hand polydactyly. After birth, craniofacial dysmorphism and esophagobronchial fistula were confirmed and VACTERL association was suspected. One day after birth, the patient died of respiratory failure caused by tracheal aplasia type III. The molecular mechanisms of pathogenic RAC1 variants remain largely unclear; therefore, we biochemically examined the pathophysiological significance of RAC1-p.Tyr40His by focusing on the best characterized downstream effector of RAC1, PAK1, which activates Hedgehog signaling. RAC1-p.Tyr40His interacted minimally with PAK1, and did not enable PAK1 activation. Variants in the RAC1 Switch II region consistently activate downstream signals, whereas the p.Tyr40His variant at the RAC1-PAK1 binding site and adjacent to the Switch I region may deactivate the signals. It is important to accumulate data from individuals with different RAC1 variants to gain a full understanding of their varied clinical presentations.

DOI： 10.1038/s41598-023-36381-0

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s10038-023-01170-0

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Tandem repeats (TRs) are one of the largest sources of polymorphism, and their length is associated with gene regulation. Although previous studies reported several tandem repeats regulating gene splicing in cis (spl-TRs), no large-scale study has been conducted. In this study, we established a genome-wide catalog of 9537 spl-TRs with a total of 58,290 significant TR-splicing associations across 49 tissues (false discovery rate 5%) by using Genotype-Tissue expression (GTex) Project data. Regression models explaining splicing variation by using spl-TRs and other flanking variants suggest that at least some of the spl-TRs directly modulate splicing. In our catalog, two spl-TRs are known loci for repeat expansion diseases, spinocerebellar ataxia 6 (SCA6) and 12 (SCA12). Splicing alterations by these spl-TRs were compatible with those observed in SCA6 and SCA12. Thus, our comprehensive spl-TR catalog may help elucidate the pathomechanism of genetic diseases.

DOI： 10.1101/gr.277335.122

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s41598-023-27770-6

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その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41598-023-27770-6

記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s10038-022-01117-x

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s10038-022-01098-x

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.gim.2022.08.007

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

We developed a diagnostic method for repeat expansion diseases using a long-read sequencer to improve currently available, low throughput diagnostic methods. We employed the real-time target enrichment system of the nanopore GridION sequencer using the adaptive sampling option, in which software-based target assignment is available without prior sample enrichment, and built an analysis pipeline that prioritized the disease-causing loci. Twenty-two patients with various neurological and neuromuscular diseases, including 12 with genetically diagnosed repeat expansion diseases and 10 manifesting cerebellar ataxia, but without genetic diagnosis, were analyzed. We first sequenced the 12 molecularly diagnosed patients and accurately confirmed expanded repeats in all with uniform depth of coverage across the loci. Next, we applied our method and a conventional method to 10 molecularly undiagnosed patients. Our method corrected inaccurate diagnoses of two patients by the conventional method. Our method is superior to conventional diagnostic methods in terms of speed, accuracy, and comprehensiveness.

DOI： 10.1038/s41525-022-00331-y

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Wiley  

<jats:title>Abstract</jats:title><jats:p>Recent advances in sequencing technologies enable genome‐wide analyses for thousands of individuals. The sequential kernel association test (SKAT) is a widely used method to test for associations between a phenotype and a set of rare variants. As the sample size of human genetics studies increases, the computational time required to calculate a kernel is becoming more and more problematic. In this study, a new method to obtain kernel statistics without calculating a kernel matrix is proposed. A simple method for the computation of two kernel statistics, namely, a kernel statistic based on a genetic relationship matrix (GRM) and one based on an identity by state (IBS) matrix, are proposed. By using this method, calculation of the kernel statistics can be conducted using vector calculation without matrix calculation. The proposed method enables one to conduct SKAT for large samples of human genetics.</jats:p>

DOI： 10.1002/ggn2.202100066

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

We report two patients with autosomal dominant neuronal intranuclear inclusion disease (NIID) harboring the biallelic GGC repeat expansion in NOTCH2NLC to uncover the impact of repeat expansion zygosity on the clinical phenotype. The zygosity of the entire NOTCH2NLC GGC repeat expansion and DNA methylation were comprehensively evaluated using fluorescent amplicon length PCR (AL-PCR), Southern blotting and targeted long-read sequencing, and detailed genetic/epigenetic and clinical features were described. In AL-PCR, we could not recognize the wild-type allele in both patients. Targeted long-read sequencing revealed that one patient harbored a homozygous repeat expansion. The other patient harbored compound heterozygous repeat expansions. The GGC repeats and the nearest CpG island were hypomethylated in all expanded alleles in both patients. Both patients harboring the biallelic GGC repeat expansion showed a typical dementia-dominant NIID phenotype. In conclusion, the biallelic GGC repeat expansion in two typical NIID patients indicated that NOTCH2NLC-related diseases could be completely dominant.

DOI： 10.1016/j.ygeno.2022.110469

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Recent studies suggest that transcript isoforms significantly overlap (approximately 60%) between brain tissue and Epstein-Barr virus-transformed lymphoblastoid cell lines (LCLs). Interestingly, 14 cohesion-related genes with variants that cause Cornelia de Lange Syndrome (CdLS) are highly expressed in the brain and LCLs. In this context, we first performed RNA sequencing of LCLs from 22 solved (with pathogenic variants) and 19 unsolved (with no confirmed variants) CdLS cases. Next, an RNA sequencing pipeline was developed using solved cases with two different methods: short variant analysis (for single-nucleotide and indel variants) and aberrant splicing detection analysis. Then, 19 unsolved cases were subsequently applied to our pipeline, and four pathogenic variants in NIPBL (one inframe deletion and three intronic variants) were newly identified. Two of three intronic variants were located at Alu elements in deep-intronic regions, creating cryptic exons. RNA sequencing with LCLs was useful for identifying hidden variants in exome-negative cases.

DOI： 10.1016/j.ygeno.2022.110468

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

AIMS: The molecular genetic mechanisms underlying postoperative nausea and vomiting (PONV) in the brain have not been fully elucidated. This study aimed to determine the changes in whole transcriptome in the nucleus of the solitary tract (NTS) in an animal model of PONV, to screen a drug candidate and to elucidate the molecular genetic mechanisms of PONV development. METHODS: Twenty-one female musk shrews were assigned into three groups: the Surgery group (shrew PONV model, n = 9), the Sham group (n = 6), and the Naïve group (n = 6). In behavioral studies, the main outcome was the number of emetic episodes. In genetic experiments, changes in the transcriptome in the NTS were measured. In a separate study, 12 shrews were used to verify the candidate mechanism underlying PONV. RESULTS: A median of six emetic episodes occurred in both the Sham and Surgery groups. Whole-transcriptome analysis indicated the inhibition of the GABAB receptor-mediated signaling pathway in the PONV model. Baclofen (GABAB receptor agonist) administration eliminated emetic behaviors in the shrew PONV model. CONCLUSIONS: Our findings suggest that the GABAB receptor-mediated signaling pathway is involved in emesis and that baclofen may be a novel therapeutic or prophylactic agent for PONV.

DOI： 10.1111/cns.13823

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：{MDPI} {AG}  

Hypouricemia is recognized as a rare disorder, defined as a serum uric acid level of 2.0 mg/dL or less. Hypouricemia is divided into an overexcretion type and an underproduction type. The former typical disease is xanthinuria, and the latter is renal hypouricemia (RHUC). The frequency of nephrogenic hypouricemia due to a deficiency of URAT1 is high in Japan, accounting for most asymptomatic and persistent cases of hypouricemia. RHUC results in a high risk of exercise-induced acute kidney injury and urolithiasis. It is vital to promote research on RHUC, as this will lead not only to the elucidation of its pathophysiology but also to the development of new treatments for gout and hyperuricemia.

DOI： 10.3390/biomedicines10030652

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory  

<jats:title>Abstract</jats:title><jats:p>Principal component analyses (PCAs) are often used to visualize patterns of genetic variation in human populations. Previous studies showed a close correspondence between genetic and geographic distances. In such PCAs, the principal components are eigenvectors of the data’s variance-covariance matrix, which is obtained by a genetic relationship matrix (GRM). However, it is difficult to apply GRM to multiallelic sites. In this paper, I showed that a PCA from GRM is equivalent to multidimensional scaling (MDS) from nucleotide differences. Therefore, a PCA can be conducted using nucleotide differences. The new method provided in this study provides a straightforward method to predict the effects of different demographic processes on genetic diversity.</jats:p>

DOI： 10.1101/2022.03.02.482744

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s41439-021-00175-5

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：(一社)日本痛風・尿酸核酸学会  

痛風は,尿酸が原因で起こる関節炎であり,罹患者も多い.先行研究では血清尿酸値の遺伝率は30〜70%と推定されている.遺伝子ベース検定を用いた最近の研究では,まれな変異の有無がヒト集団中の血清尿酸値分散に大きく寄与していることが示唆されている.遺伝子ベース検定は,1つの遺伝子に含まれる複数の遺伝子変異の影響を1回の検定で考慮するものである.本論文では,数値計算を用い,遺伝子ベース検定のサンプルサイズと検出力の関係を解析した.仮想的なヒト集団を,まれな変異を持つ人々と持たない人々の二つの群に分けた.この二群間での尿酸値の平均値の差は,先行研究によるURAT1変異の有無によって生じる差と同じ値を使った.また,各個人の尿酸値は,その個人が属する各群の平均値を期待値とする正規分布に従うと仮定した.等分散性を仮定しないWelchのt検定を行い,検出力を計算した.今回の数値計算から,まれな変異は,一つのSNPだけを用いている場合,1万人から数万人ほどの大きさのサンプルが必要であることがわかった.複数のSNPをまとめた検定を行うことで,検出力が上がり,数百から数千人規模の研究でも検出できることが示された.この研究は,今まで主に研究対象となってきた「ありふれた疾患,ありふれた変異」に加え,遺伝子ベース検定による,「ありふれた疾患,まれな変異」の研究の可能性を示した.(著者抄録)

DOI： 10.14867/gnamtsunyo.45.1_23

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s42003-020-01251-2

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1534/g3.120.401242

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1534/genetics.119.303006

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

To explore the effect of aging, a cohort study is being performed on Sado Island, which is located in the Sea of Japan. Sado Island is close to the eastern coast of Japan, yet its population speaks the western Japanese dialect. Consequently, the genetic background of the population of Sado Island is of interest. Based on Nei’s genetic distance, we compared the allele frequencies of people from Sado Island to those of people from Nagahama and Miyagi, which are located in the western and northeastern parts of Honshu, respectively. The results showed that the populations of Miyagi and Nagahama are genetically closer to each other than to the population of Sado Island. Because the Sado and Honshu Islands are isolated by a channel, it is possible that genetic drift occurred within Sado Island, which would explain the uniqueness of the people of this region.

DOI： 10.1038/s41439-019-0058-6

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

In recent genome analyses, population-specific reference panels have indicated important. However, reference panels based on short-read sequencing data do not sufficiently cover long insertions. Therefore, the nature of long insertions has not been well documented. Here, we assembled a Japanese genome using single-molecule real-time sequencing data and characterized insertions found in the assembled genome. We identified 3691 insertions ranging from 100 bps to ~10,000 bps in the assembled genome relative to the international reference sequence (GRCh38). To validate and characterize these insertions, we mapped short-reads from 1070 Japanese individuals and 728 individuals from eight other populations to insertions integrated into GRCh38. With this result, we constructed JRGv1 (Japanese Reference Genome version 1) by integrating the 903 verified insertions, totaling 1,086,173 bases, shared by at least two Japanese individuals into GRCh38. We also constructed decoyJRGv1 by concatenating 3559 verified insertions, totaling 2,536,870 bases, shared by at least two Japanese individuals or by six other assemblies. This assembly improved the alignment ratio by 0.4% on average. These results demonstrate the importance of refining the reference assembly and creating a population-specific reference genome. JRGv1 and decoyJRGv1 are available at the JRG website.

DOI： 10.1038/s41439-019-0057-7

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s41397-017-0010-4

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier {BV}  

DOI： 10.1016/j.heliyon.2018.e00625

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

集団を考慮することによって短鎖縦列反復配列（STR）の反復数を高精度に推定することができる STR アライメント手法の開発を行った。

DOI： 10.1186/s12864-016-3294-x

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

多数の属性情報と全ゲノム中のレアバリアントの関係を高速に探索可能となるレアバリアント統合手法（AP-SKAT 法）を開発し、実装の公開を行った。

DOI： 10.1186/s12864-016-3094-3

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Repetitive sequences in a genome cause mapping errors, especially in case of short reads, because of the presence of similar or identical sequences. Distribution of repetitive sequences in a genome must be studied to distinguish between mappable and unmappable regions. Previous studies showed that short tandem repeats (STRs) are clustered in the terminal regions of chromosomes in the human genome. It is an open question whether formation of STRs in the terminal regions of chromosomes occurs only in humans. The present study investigated the distribution of STRs in the human, cow, mouse, chicken, and lizard genomes. In this study, it was shown that STRs were concentrated in the terminal regions of chromosomes not only in the human genome, but also in mouse, cow, chicken, and lizard genomes. The results suggested that the mechanism through which STRs are shared by amniotes in which mammals, birds and lizards are included. Thus, we must be careful when the genomic sequences at chromosome ends of amniotes by using the next generation sequencers.

DOI： 10.1016/j.genrep.2016.01.004

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記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（研究会，シンポジウム資料等）  

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記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（研究会，シンポジウム資料等）  

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

第三世代シークエンサは、DNA一分子から直接配列を読み取ることが特徴である。そのため、何千塩基もの長さで配列を得ることができ、従来の第二世代シークエンサが不得意とする、繰り返し配列が多いゲノム領域の配列解析に役立つことが期待されている。しかし、第三世代シークエンサには、エラー率が高いという欠点があった。エラー率が高いと、局所的なhomology searchに基づいた従来のhomology search法のほとんどは利用できない。そのせいで、第三世代シークエンサが利用される場面は限られていた。そこで私は、第三世代シークエンサ用のhomology search法を開発した。この方法は、MAFFTのアルゴリズムを元にしている。この方法では、MAFFTと同様に、DNA配列を2次元の波とみなし、フーリエ変換を元にした計算で、波の相関関数を求める。それにより、局所的なhomologyだけではなく、大局的なhomologyを見ている。この特徴のおかげで、新しい手法は、エラー率が高い配列でもhomologyを見つけ出すことができ、第三世代シークエンサの応用を広げることが期待できる。

DOI： 10.1016/j.ygeno.2015.09.005

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

ヒトゲノム内のユニークな配列の分布<br />
調査されました。人間のゲノムの60％がユニークであることがわかった<br />
平均。しかし、ヒトゲノムの非固有領域は集中しています<br />
動原体および染色体の末端領域。の割合<br />
ゲノムの残りの部分のユニーク配列は約80％です。

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.ygeno.2013.03.002

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

進化の距離の効率的な決定は、系統樹の正しい再構築のために重要です。系統樹の再構築に必要なプール距離のパフォーマンスは、系統樹を再構築するための適切な距離に大きな重みを適用し、不適切な距離に小さな重みを適用することで改善できます。複数の遺伝子座から系統樹を再構築するために、修正された但馬–竹崎法と修正された最小二乗法の2つの重み付け方法を開発しました。コンピューターシミュレーションにより、新しい手法の両方が、重みなしの手法よりも正しいトポロジを再構築するのに効率的であることがわかりました。したがって、新しい方法を使用してミトコンドリアDNAから人類の系統樹を再構築し、修正された但馬-竹崎および修正された最小二乗法によってブートストラップサポートのレベルが大幅に増加することを発見しました。

DOI： 10.1007/s00239-012-9513-4

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者  

DOI： 10.5772/34923

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

光合成を制御する遺伝子の多くは、葉緑体に含まれています。これらの遺伝子は種によって異なります。しかし、植物の種分化の​​初期段階におけるオルガネラ遺伝子の関与を明らかにする証拠はまだ報告されていません。水生植物の種分化の​​分子基盤を解明するために、我々はユニークな植物種であるChara braunii C. C. Gmelに注目しました。淡水域と深層水域の両方に生息し、葉緑体DNA（cpDNA）の生息地ベースの二形性を示します。ここでは、2つの核DNA（nDNA）マーカーとcpDNAを使用して、C。brauniiの「浅い」および「深い」亜集団を調べました。 2つの亜集団間の遺伝的分化は、nDNAとcpDNAの両方の領域で測定されましたが、系統解析では亜集団間の核遺伝子の流れが示唆されました。タジマのDに基づく中立性テストは、オルガネラDNA領域に作用する多様化した選択を実証しました。さらに、3つの深い環境の底質土壌由来の培養で検出されたcpDNAの「浅い」および「深い」ハプロタイプは、2つの生息地間の卵胞子（休眠接合子）の移動が、フィールドからのcpDNAの完全な生息地ベースの二形性に関係なく生じることを示唆しました‐収集された栄養タリー。したがって、2つの亜集団は、それらの異なる水生生息地によって高度に選択され、接合前の分離を示します。

DOI： 10.1111/j.1529-8817.2011.01037.x

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

バックグラウンド<br />
コドンバイアスは、異なる遺伝子間での同義コドンの頻度の違いを指す現象です。多くの生物では、自然選択がコドンバイアスの原因であると考えられています。これは、高発現遺伝子のコドン使用が最適なコドンに偏っているためです。ヌクレオチド配列から遺伝子の発現レベルを予測する方法が以前に開発されました。これは、同義のコドン使用が主要コドンと呼ばれる少数のコドンへの全体的なバイアスを示すという観察に基づいています。ただし、コドン選択と遺伝子発現レベルの関係は、翻訳選択モデルで提案されているように、哺乳類ではあまり明確ではありません。<br />
<br />
調査結果<br />
1,182個のマウス遺伝子の発現レベルとアミノ酸組成、および遺伝子発現とコドン選好の相関を調査しました。マウスの遺伝子発現レベルとアミノ酸組成の間には、弱いながらも重要な相関関係があることがわかりました。全体として、発現レベルの変動の10％未満がアミノ酸成分によって説明されています。コドン選好に関して有意な相関が観察されなかったため、遺伝子発現に対するコドン選好の影響はアミノ酸組成の影響よりも弱いことがわかった。<br />
<br />
結論<br />
これらの結果は、マウスのアミノ酸成分またはコドンバイアスから発現レベルを予測することは困難であることを示唆しています。

DOI： 10.1186/1756-0500-4-20

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1186/1751-0473-6-10

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1186/1471-2164-12-397

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1186/1751-0473-5-5

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1186/1756-0381-3-6

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Background: Since more than a million single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are analyzed in any given genome-wide association study (GWAS), performing multiple comparisons can be problematic. To cope with multiple-comparison problems in GWAS, haplotype-based algorithms were developed to correct for multiple comparisons at multiple SNP loci in linkage disequilibrium. A permutation test can also control problems inherent in multiple testing
however, both the calculation of exact probability and the execution of permutation tests are time-consuming. Faster methods for calculating exact probabilities and executing permutation tests are required. Methods: We developed a set of computer programs for the parallel computation of accurate P-values in haplotype-based GWAS. Our program, ParaHaplo, is intended for workstation clusters using the Intel Message Passing Interface (MPI). We compared the performance of our algorithm to that of the regular permutation test on JPT and CHB of HapMap. Results: ParaHaplo can detect smaller differences between 2 populations than SNP-based GWAS. We also found that parallel-computing techniques made ParaHaplo 100-fold faster than a non-parallel version of the program. Conclusion: ParaHaplo is a useful tool in conducting haplotype-based GWAS. Since the data sizes of such projects continue to increase, the use of fast computations with parallel computing--such as that used in ParaHaplo--will become increasingly important. The executable binaries and program sources of ParaHaplo are available at the following address: http://sourceforge.jp/projects/parallelgwas/?_sl=1. © 2009 Misawa and Kamatani
licensee BioMed Central Ltd.

DOI： 10.1186/1751-0473-4-7

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.ympev.2009.08.015

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.gene.2008.11.006

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1186/1471-2148-9-197

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1186/1471-2148-9-197

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier {BV}  

DOI： 10.1016/j.ympev.2008.08.018

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.ympev.2008.03.016

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.gene.2008.02.021

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1186/1471-2148-8-151

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1007/s10038-008-0312-0

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1007/s00239-008-9141-1

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記述言語：英語  

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1093/molbev/msm091

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記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Multiple sequence alignment is an important tool for computational analysis of nucleotide or amino acid sequences. It is also a challenging combinatorial optimization problem in computer science. As a large amount of sequence data is becoming available from genome and other large-scale sequencing projects, efficiency, as well as accuracy, is currently required for a multiple sequence alignment program. Several new programs are being developed aiming at improving both efficiency and accuracy. We overview the algorithms and performances of new programs including that by ourselves

DOI： 10.2142/biophys.46.312

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1093/dnares/dsi001

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1006/jtbi.2003.3144

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/S1055-7903(03)00079-4

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1007/s00239-003-0039-7

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1093/nar/gkf436

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026289

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1006/mpev.2000.0831

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1023/A:1017011631572

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1093/genetics/147.4.1959

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記述言語：日本語  

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記述言語：英語   著書種別：学術書

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J-GLOBAL

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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記述言語：英語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）   出版者・発行元：INT PHYCOLOGICAL SOC  

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記述言語：英語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）   出版者・発行元：INT PHYCOLOGICAL SOC  

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開催年月日： 2021年8月

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2021年8月

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2020年9月

記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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開催年月日： 2020年2月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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開催年月日： 2017年9月

記述言語：英語  

開催地：アメリカ  

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開催年月日： 2017年5月

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2016年10月

記述言語：英語  

開催地：カナダ  

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開催年月日： 2015年9月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：仙台市  

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開催年月日： 2014年9月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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開催年月日： 2014年8月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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開催年月日： 2013年11月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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開催年月日： 2008年8月

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2006年8月

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2005年12月

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2004年9月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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開催年月日： 2000年3月

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 1996年10月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：英語  

開催地：横浜市  

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記述言語：日本語  

開催地：京都市  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：アメリカ  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語  

開催地：仙台市  

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記述言語：英語  

開催地：アメリカ  

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記述言語：英語  

開催地：京都市  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：東京都  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：テキサス州ヒューストン市  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：英語  

開催地：熱海  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：サンフランシスコ  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：神奈川県横浜市  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：ペンシルベニア州フィラデルフィア  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：新潟県新潟市  

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記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：北海道札幌市  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：盛岡市  

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