研究者詳細 - 朴三用

2026/03/10 更新

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パク　サンヨン

朴三用

Sam-Yong Park

所属

生命医科学研究科生命医科学専攻教授
理学部理学科

ホームページ

http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/pdl/index.html

通称等の別名

PS000028

プロフィール

1995年大阪大学大学院基礎工学研究科博士課程修了、博士（工学）。1995年より理化学研究所、播磨研究所研究員。2001年4月より現職。
研究内容：疾患由来タンパク質の構造生物学研究を行っている。

外部リンク

学位

博士(工学) （大阪大学）

研究キーワード

構造創薬化学
構造生物学
Biology
Structural Biology
Biophysical

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学
ライフサイエンス / 構造生物化学
ライフサイエンス / 多様性生物学、分類学

経歴

横浜市立大学

2010年 - 現在

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横浜市立大学国際総合科学部生命医科学コース生命医科学研究科生命医科学専攻教授

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所属学協会

日本蛋白質科学会

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日本生物物理学会

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日本結晶学会

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委員歴

日本生物物理学会会員

1990年

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団体区分：学協会

日本生物物理学会

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論文

Crystal and Cryo-EM structure of PPL, a novel hexameric R-type lectin from the poisonous mushroom Pleurocybella porrigens. 国際誌

Daisuke Adachi, Naito Ishimoto, Kenji Mizutani, Katsuya Takahashi, Reiji Kubota, Haruka Kawabata, Sam-Yong Park, Laurens Vandebroek, Arnout R D Voet, Masao Yamada, Yasuhiro Ozeki, Yuki Fujii, Hideaki Fujita, Jeremy R H Tame, Kenichi Kamata

Glycobiology 2025年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Pleurocybella porrigens is a mushroom that grows widely around the temperate northern hemisphere, and was once considered edible, especially in Japan. Following a number of deaths in 2004, investigations revealed the presence of various toxins, including a lectin (PPL) that apparently survives cooking and enters the bloodstream via the stomach. We have cloned PPL and solved its structure by X-ray crystallography and cryo-EM. We report the sugar binding properties of this β-trefoil lectin, which has a novel hexameric structure.

DOI： 10.1093/glycob/cwaf082

PubMed

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Structural basis for hepatitis B virus restriction by a viral receptor homologue. 国際誌

Kaho Shionoya, Jae-Hyun Park, Toru Ekimoto, Junko S Takeuchi, Junki Mifune, Takeshi Morita, Naito Ishimoto, Haruka Umezawa, Kenichiro Yamamoto, Chisa Kobayashi, Atsuto Kusunoki, Norimichi Nomura, So Iwata, Masamichi Muramatsu, Jeremy R H Tame, Mitsunori Ikeguchi, Sam-Yong Park, Koichi Watashi

Nature communications 15 ( 1 ) 9241 - 9241 2024年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Macaque restricts hepatitis B virus (HBV) infection because its receptor homologue, NTCP (mNTCP), cannot bind preS1 on viral surface. To reveal how mNTCP loses the viral receptor function, we here solve the cryo-electron microscopy structure of mNTCP. Superposing on the human NTCP (hNTCP)-preS1 complex structure shows that Arg158 of mNTCP causes steric clash to prevent preS1 from embedding onto the bile acid tunnel of NTCP. Cell-based mutation analysis confirms that only Gly158 permitted preS1 binding, in contrast to robust bile acid transport among mutations. As the second determinant, Asn86 on the extracellular surface of mNTCP shows less capacity to restrain preS1 from dynamic fluctuation than Lys86 of hNTCP, resulting in unstable preS1 binding. Additionally, presence of long-chain conjugated-bile acids in the tunnel induces steric hindrance with preS1 through their tailed-chain. This study presents structural basis in which multiple sites in mNTCP constitute a molecular barrier to strictly restrict HBV.

DOI： 10.1038/s41467-024-53533-6

PubMed

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Structural basis of CXC chemokine receptor 1 ligand binding and activation. 国際誌

Naito Ishimoto, Jae-Hyun Park, Kouki Kawakami, Michiko Tajiri, Kenji Mizutani, Satoko Akashi, Jeremy R H Tame, Asuka Inoue, Sam-Yong Park

Nature communications 14 ( 1 ) 4107 - 4107 2023年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Neutrophil granulocytes play key roles in innate immunity and shaping adaptive immune responses. They are attracted by chemokines to sites of infection and tissue damage, where they kill and phagocytose bacteria. The chemokine CXCL8 (also known as interleukin-8, abbreviated IL-8) and its G-protein-coupled receptors CXCR1 and CXCR2 are crucial elements in this process, and also the development of many cancers. These GPCRs have therefore been the target of many drug development campaigns and structural studies. Here, we solve the structure of CXCR1 complexed with CXCL8 and cognate G-proteins using cryo-EM, showing the detailed interactions between the receptor, the chemokine and Gαi protein. Unlike the closely related CXCR2, CXCR1 strongly prefers to bind CXCL8 in its monomeric form. The model shows that steric clashes would form between dimeric CXCL8 and extracellular loop 2 (ECL2) of CXCR1. Consistently, transplanting ECL2 of CXCR2 onto CXCR1 abolishes the selectivity for the monomeric chemokine. Our model and functional analysis of various CXCR1 mutants will assist efforts in structure-based drug design targeting specific CXC chemokine receptor subtypes.

DOI： 10.1038/s41467-023-39799-2

PubMed

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X-ray fluorescence holography of biological metal sites: Application to myoglobin

Ayana Sato-Tomita, Artoni Kevin R. Ang, Koji Kimura, Riho Marumi, Naohisa Happo, Tomohiro Matsushita, Sam-Yong Park, Naoya Shibayama, Yuji C. Sasaki, Kouichi Hayashi

Biochemical and Biophysical Research Communications 635 277 - 282 2022年12月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.1016/j.bbrc.2022.10.003

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Structural insights into the HBV receptor and bile acid transporter NTCP. 国際誌

Jae-Hyun Park, Masashi Iwamoto, Ji-Hye Yun, Tomomi Uchikubo-Kamo, Donghwan Son, Zeyu Jin, Hisashi Yoshida, Mio Ohki, Naito Ishimoto, Kenji Mizutani, Mizuki Oshima, Masamichi Muramatsu, Takaji Wakita, Mikako Shirouzu, Kehong Liu, Tomoko Uemura, Norimichi Nomura, So Iwata, Koichi Watashi, Jeremy R H Tame, Tomohiro Nishizawa, Weontae Lee, Sam-Yong Park

Nature 606 ( 7916 ) 1027 - 1031 2022年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Roughly 250 million people are infected with hepatitis B virus (HBV) worldwide1, and perhaps 15 million also carry the satellite virus HDV, which confers even greater risk of severe liver disease2. Almost ten years ago the HBV receptor was identified as NTCP (sodium taurocholate co-transporting polypeptide), which interacts directly with the first 48 amino acid residues of the N-myristoylated N-terminal preS1 domain of the viral large (L) protein3. Despite the pressing need for therapeutic agents to counter HBV, the structure of NTCP remains unsolved. This 349-residue protein is closely related to human apical sodium-dependent bile acid transporter (ASBT), another member of the solute carrier family SLC10. Crystal structures have been reported of similar bile acid transporters from bacteria4, 5, and these models with ten transmembrane helices are believed to resemble strongly both NTCP and ASBT. Using cryo-electron microscopy we have solved the structure of NTCP bound to an antibody, clearly showing the transporter has no equivalent to the first transmembrane helix of other SLC10 models, leaving the N-terminus exposed on the extracellular face. Comparison of the different structures indicates a common mechanism of bile acid transport, but the NTCP structure also displays a pocket formed by residues known to interact with preS1, presenting new and enticing opportunities for structure-based drug design.

DOI： 10.1038/s41586-022-04857-0

PubMed

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感染受容体NTCPの多量体化が導くB型肝炎ウイルス細胞内侵入機構の解明

深野顕人, 大嶋美月, 九十田千子, 相崎英樹, 大木規央, 朴三用, 脇田隆字, 若江亨祥, 渡士幸一, 村松正道

日本薬学会年会要旨集 142年会 26M - pm15 2022年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公社)日本薬学会

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SLC10A1/NTCP多量体形成が制御するB型肝炎ウイルス細胞内侵入機構の解析

深野顕人, 大嶋美月, 九十田千子, 相崎英樹, 大木規央, 朴三用, 脇田隆字, 若江亨祥, 渡士幸一, 村松正道

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 94回 [P - 382] 2021年11月

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公社)日本生化学会

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スプライシングタンパク質U2AF1によるイントロン認識機構のX線結晶構造解析

吉田尚史, 朴三用, 成相裕子, 坂下暁介, 桑迫香奈子, 武藤裕, 浦野健, 尾林栄治

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 94回 [1T15m - 195)] 2021年11月

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公社)日本生化学会

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NTCP oligomerization occurs downstream of the NTCP-EGFR interaction during hepatitis B virus internalization

Kento Fukano, Mizuki Oshima, Senko Tsukuda, Hideki Aizaki, Mio Ohki, Sam-Yong Park, Takaji Wakita, Kousho Wakae, Koichi Watashi, Masamichi Muramatsu

Journal of Virology 2021年10月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Society for Microbiology

Sodium taurocholate cotransporting polypeptide (NTCP) is a receptor that is essential for hepatitis B virus (HBV) entry into the host cell. A number of HBV entry inhibitors targeting NTCP have been reported to date; these inhibitors have facilitated a mechanistic analysis of the viral entry process. However, the mechanism of HBV internalization into host cells after interaction of virus with NTCP remains largely unknown. Recently, we reported that troglitazone, a thiazolidinedione derivative, specifically inhibits both HBV internalization and NTCP oligomerization, resulting in inhibition of HBV infection. Here, using troglitazone as a chemical probe to investigate entry process, the contribution of NTCP oligomerization to HBV internalization was evaluated. Using surface plasmon resonance and transporter kinetics, we found that troglitazone directly interacts with NTCP and non-competitively interferes with NTCP-mediated bile acid uptake, suggesting that troglitazone allosterically binds to NTCP, rather than to the bile acid-binding pocket. Additionally, alanine scanning mutagenesis showed that a mutation at phenylalanine 274 of NTCP (F274A) caused a loss of HBV susceptibility and disrupted both the oligomerization of NTCP and HBV internalization without affecting viral attachment to the cell surface. An inhibitor of the interaction between NTCP and epidermal growth factor receptor (EGFR), another host cofactor essential for HBV internalization, impeded NTCP oligomerization. Meanwhile, co-immunoprecipitation analysis revealed that neither troglitazone nor the F274A mutation in NTCP affect the NTCP-EGFR interaction. These findings suggest that NTCP oligomerization is initiated downstream of the NTCP-EGFR interaction, and then triggers HBV internalization. This study provides significant insight into the HBV entry mechanisms.

<bold>Importance</bold>

Hepatitis B virus (HBV) infection is mediated by a specific interaction with sodium taurocholate cotransporting polypeptide (NTCP), a viral entry receptor. Although the virus-receptor interactions are believed to trigger viral internalization into host cells, the exact molecular mechanisms of HBV internalization are not understood. In this study, we revealed the mode of action whereby troglitazone, a specific inhibitor of HBV internalization, impedes NTCP oligomerization, and identified NTCP phenylalanine 274 as a residue essential for this oligomerization. We further analyzed the association between NTCP oligomerization and HBV internalization, a process that is mediated by epidermal growth factor receptor (EGFR), another essential host cofactor for HBV internalization. Our study provides critical information on the mechanism of HBV entry, and suggests that oligomerization of the viral receptor serves as an attractive target for drug discovery.

DOI： 10.1128/jvi.00938-21

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Crystal structure of Nanoarchaeum equitans tyrosyl-tRNA synthetase and its aminoacylation activity toward tRNATyr with an extra guanosine residue at the 5ʹ-terminus

Tatsuya Horikoshi, Hiroki Noguchi, Takuya Umehara, Hiromi Mutsuro-Aoki, Ryodai Kurihara, Ryohei Noguchi, Takahiro Hashimoto, Yuki Watanabe, Tadashi Ando, Kenichi Kamata, Sam-Yong Park, Koji Tamura

Biochemical and Biophysical Research Communications 575 90 - 95 2021年10月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.bbrc.2021.08.070

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Early-stage dynamics of chloride ion–pumping rhodopsin revealed by a femtosecond X-ray laser

Ji-Hye Yun, Xuanxuan Li, Jianing Yue, Jae-Hyun Park, Zeyu Jin, Chufeng Li, Hao Hu, Yingchen Shi, Suraj Pandey, Sergio Carbajo, Sébastien Boutet, Mark S. Hunter, Mengning Liang, Raymond G. Sierra, Thomas J. Lane, Liang Zhou, Uwe Weierstall, Nadia A. Zatsepin, Mio Ohki, Jeremy R.H. Tame, Sam-Yong Park, John C.H. Spence, Wenkai Zhang, Marius Schmidt, Weontae Lee, Haiguang Liu

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118 ( 13 ) 2021年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：National Academy of Sciences

DOI： 10.1073/pnas.2020486118

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Photoactivated adenylyl cyclases: Fundamental properties and applications

Mineo Iseki, Sam-Yong Park

Advances in Experimental Medicine and Biology 1293 129 - 139 2021年

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記述言語：英語掲載種別：論文集(書籍)内論文出版者・発行元：Springer

DOI： 10.1007/978-981-15-8763-4_7

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The structure of SeviL, a GM1b/asialo-GM1 binding R-type lectin from the mussel Mytilisepta virgata. 国際誌

Kenichi Kamata, Kenji Mizutani, Katsuya Takahashi, Roberta Marchetti, Alba Silipo, Christine Addy, Sam-Yong Park, Yuki Fujii, Hideaki Fujita, Tsuyoshi Konuma, Takahisa Ikegami, Yasuhiro Ozeki, Jeremy R H Tame

Scientific reports 10 ( 1 ) 22102 - 22102 2020年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

SeviL is a recently isolated lectin found to bind to the linear saccharides of the ganglioside GM1b (Neu5Ac[Formula: see text](2-3)Gal[Formula: see text](1-3)GalNAc[Formula: see text](1-4)Gal[Formula: see text](1-4)Glc) and its precursor, asialo-GM1 (Gal[Formula: see text](1-3)GalNAc[Formula: see text](1-4)Gal[Formula: see text](1-4)Glc). The crystal structures of recombinant SeviL have been determined in the presence and absence of ligand. The protein belongs to the [Formula: see text]-trefoil family, but shows only weak sequence similarity to known structures. SeviL forms a dimer in solution, with one binding site per subunit, close to the subunit interface. Molecular details of glycan recognition by SeviL in solution were analysed by ligand- and protein-based NMR techniques as well as ligand binding assays. SeviL shows no interaction with GM1 due to steric hindrance with the sialic acid branch that is absent from GM1b. This unusual specificity makes SeviL of great interest for the detection and control of certain cancer cells, and cells of the immune system, that display asialo-GM1.

DOI： 10.1038/s41598-020-78926-7

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Nucleus Accumbens-Associated Protein 1 Binds DNA Directly through the BEN Domain in a Sequence-Specific Manner

Naomi Nakayama, Gyosuke Sakashita, Takashi Nagata, Naohiro Kobayashi, Hisashi Yoshida, Sam-Yong Park, Yuko Nariai, Hiroaki Kato, Eiji Obayashi, Kentaro Nakayama, Satoru Kyo, Takeshi Urano

Biomedicines 8 ( 12 ) 608 - 608 2020年12月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：MDPI AG

Nucleus accumbens-associated protein 1 (NAC1) is a nuclear protein that harbors an amino-terminal BTB domain and a carboxyl-terminal BEN domain. NAC1 appears to play significant and diverse functions in cancer and stem cell biology. Here we demonstrated that the BEN domain of NAC1 is a sequence-specific DNA-binding domain. We selected the palindromic 6 bp motif ACATGT as a target sequence by using a PCR-assisted random oligonucleotide selection approach. The interaction between NAC1 and target DNA was characterized by gel shift assays, pull-down assays, isothermal titration calorimetry (ITC), chromatin-immunoprecipitation assays, and NMR chemical shifts perturbation (CSP). The solution NMR structure revealed that the BEN domain of human NAC-1 is composed of five conserved α helices and two short β sheets, with an additional hitherto unknown N-terminal α helix. In particular, ITC clarified that there are two sequential events in the titration of the BEN domain of NAC1 into the target DNA. The ITC results were further supported by CSP data and structure analyses. Furthermore, live cell photobleaching analyses revealed that the BEN domain of NAC1 alone was unable to interact with chromatin/other proteins in cells.

DOI： 10.3390/biomedicines8120608

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Elucidation of the aberrant 3′ splice site selection by cancer-associated mutations on the U2AF1 査読国際誌

Hisashi Yoshida, Sam-Yong Park, Gyosuke Sakashita, Yuko Nariai, Kanako Kuwasako, Yutaka Muto, Takeshi Urano, Eiji Obayashi

Nature Communications 11 ( 1 ) 4744 - 4744 2020年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

<title>Abstract</title>
The accurate exclusion of introns by RNA splicing is critical for the production of mature mRNA. U2AF1 binds specifically to the 3´ splice site, which includes an essential AG dinucleotide. Even a single amino acid mutation of U2AF1 can cause serious disease such as certain cancers or myelodysplastic syndromes. Here, we describe the first crystal structures of wild-type and pathogenic mutant U2AF1 complexed with target RNA, revealing the mechanism of 3´ splice site selection, and how aberrant splicing results from clinically important mutations. Unexpected features of this mechanism may assist the future development of new treatments against diseases caused by splicing errors.

DOI： 10.1038/s41467-020-18559-6

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その他リンク： http://www.nature.com/articles/s41467-020-18559-6
Structure-Based Functional Modification Study of a Cyanobacterial Chloride Pump for Transporting Multiple Anions 査読

Ji-Hye Yun, Jae-Hyun Park, Zeyu Jin, Mio Ohki, Yang Wang, Cecylia Severin Lupala, Haiguang Liu, Sam-Yong Park, Weontae Lee

Journal of Molecular Biology 432 ( 19 ) 5273 - 5286 2020年9月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.1016/j.jmb.2020.07.016

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Direct observation of ligand migration within human hemoglobin at work 査読

Naoya Shibayama, Ayana Sato-Tomita, Mio Ohki, Kouhei Ichiyanagi, Sam-Yong Park

Proceedings of the National Academy of Sciences 117 ( 9 ) 4741 - 4748 2020年3月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Proceedings of the National Academy of Sciences

Hemoglobin is one of the best-characterized proteins with respect to structure and function, but the internal ligand diffusion pathways remain obscure and controversial. Here we captured the CO migration processes in the tense (T), relaxed (R), and second relaxed (R2) quaternary structures of human hemoglobin by crystallography using a high-repetition pulsed laser technique at cryogenic temperatures. We found that in each quaternary structure, the photodissociated CO molecules migrate along distinct pathways in the α and β subunits by hopping between the internal cavities with correlated side chain motions of large nonpolar residues, such as α14Trp(A12), α105Leu(G12), β15Trp(A12), and β71Phe(E15). We also observe electron density evidence for the distal histidine [α58/β63His(E7)] swing-out motion regardless of the quaternary structure, although less evident in α subunits than in β subunits, suggesting that some CO molecules have escaped directly through the E7 gate. Remarkably, in T-state Fe(II)-Ni(II) hybrid hemoglobins in which either the α or β subunits contain Ni(II) heme that cannot bind CO, the photodissociated CO molecules not only dock at the cavities in the original Fe(II) subunit, but also escape from the protein matrix and enter the cavities in the adjacent Ni(II) subunit even at 95 K, demonstrating the high gas permeability and porosity of the hemoglobin molecule. Our results provide a comprehensive picture of ligand movements in hemoglobin and highlight the relevance of cavities, nonpolar residues, and distal histidines in facilitating the ligand migration.

DOI： 10.1073/pnas.1913663117

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その他リンク： https://syndication.highwire.org/content/doi/10.1073/pnas.1913663117
B型肝炎ウイルス内在化機構における感染受容体多量体化の関与

深野顕人, 九十田千子, 大嶋美月, 大木規央, 朴三用, 若江亨祥, 相崎英樹, 脇田隆字, 渡士幸一, 村松正道

日本薬学会年会要旨集 140年会 26J - pm03 2020年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公社)日本薬学会

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Pumping mechanism of NM-R3, a light-driven bacterial chloride importer in the rhodopsin family 査読

Ji-Hye Yun, Mio Ohki, Jae-Hyun Park, Naito Ishimoto, Ayana Sato-Tomita, Wonbin Lee, Zeyu Jin, Jeremy R. H. Tame, Naoya Shibayama, Sam-Yong Park, Weontae Lee

Science Advances 6 ( 6 ) eaay2042 - eaay2042 2020年2月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Association for the Advancement of Science (AAAS)

A newly identified microbial rhodopsin, NM-R3, from the marine flavobacterium<italic>Nonlabens marinus</italic>, was recently shown to drive chloride ion uptake, extending our understanding of the diversity of mechanisms for biological energy conversion. To clarify the mechanism underlying its function, we characterized the crystal structures of NM-R3 in both the dark state and early intermediate photoexcited states produced by laser pulses of different intensities and temperatures. The displacement of chloride ions at five different locations in the model reflected the detailed anion-conduction pathway, and the activity-related key residues—Cys<sup>105</sup>, Ser<sup>60</sup>, Gln<sup>224</sup>, and Phe<sup>90</sup>—were identified by mutation assays and spectroscopy. Comparisons with other proteins, including a closely related outward sodium ion pump, revealed key motifs and provided structural insights into light-driven ion transport across membranes by the NQ subfamily of rhodopsins. Unexpectedly, the response of the retinal in NM-R3 to photostimulation appears to be substantially different from that seen in bacteriorhodopsin.

DOI： 10.1126/sciadv.aay2042

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The machinery for endocytosis of epidermal growth factor receptor coordinates the transport of incoming hepatitis B virus to the endosomal network. 査読国際誌

Iwamoto M, Saso W, Nishioka K, Ohashi H, Sugiyama R, Ryo A, Ohki M, Yun JH, Park SY, Ohshima T, Suzuki R, Aizaki H, Muramatsu M, Matano T, Iwami S, Sureau C, Wakita T, Watashi K

The Journal of biological chemistry 295 ( 3 ) 800 - 807 2019年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.AC119.010366

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Glycyl-tRNA synthetase from Nanoarchaeum equitans: The first crystal structure of archaeal GlyRS and analysis of its tRNA glycylation 査読

Alma Fujisawa, Risako Toki, Hideaki Miyake, Tomoko Shoji, Hiromi Doi, Hiromi Hayashi, Rina Hanabusa, Hiromi Mutsuro-Aoki, Takuya Umehara, Tadashi Ando, Hiroki Noguchi, Arnout Voet, Sam-Yong Park, Koji Tamura

BIOCHEM BIOPH RES CO 511 228 - 233 2019年4月

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/j.bbrc.2019.01.142

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Epidermal growth factor receptor is a host-entry cofactor triggering hepatitis B virus internalization. 査読国際誌

Iwamoto M, Saso W, Sugiyama R, Ishii K, Ohki M, Nagamori S, Suzuki R, Aizaki H, Ryo A, Yun JH, Park SY, Ohtani N, Muramatsu M, Iwami S, Tanaka Y, Sureau C, Wakita T, Watashi K, g, A

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116 ( 17 ) 8487 - 8492 2019年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.1811064116

PubMed

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Troglitazone Impedes the Oligomerization of Sodium Taurocholate Cotransporting Polypeptide and Entry of Hepatitis B Virus Into Hepatocytes. 査読

Fukano K, Tsukuda S, Oshima M, Suzuki R, Aizaki H, Ohki M, Park SY, Muramatsu M, Wakita T, Sureau C, Ogasawara Y, Watashi K, g, A

Frontiers in microbiology 9 3257 2019年1月

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DOI： 10.3389/fmicb.2018.03257

PubMed

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A new strategy to identify hepatitis B virus entry inhibitors by AlphaScreen technology targeting the envelope-receptor interaction. 査読

Saso W, Tsukuda S, Ohashi H, Fukano K, Morishita R, Matsunaga S, Ohki M, Ryo A, Park SY, Suzuki R, Aizaki H, Muramatsu M, Sureau C, Wakita T, Matano T, Watashi K

Biochemical and biophysical research communications 501 ( 2 ) 374 - 379 2018年6月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bbrc.2018.04.187

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PubMed

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Saturated Fatty Acids Undergo Intracellular Crystallization and Activate the NLRP3 Inflammasome in Macrophages 査読

Tadayoshi Karasawa, Akira Kawashima, Fumitake Usui-Kawanishi, Sachiko Watanabe, Hiroaki Kimura, Ryo Kamata, Koumei Shirasuna, Yutaro Koyama, Ayana Sato-Tomita, Takashi Matsuzaka, Hiroshi Tomoda, Sam-Yong Park, Naoya Shibayama, Hitoshi Shimano, Tadashi Kasahara, Masafumi Takahashi

Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology 38 ( 4 ) 744 - 756 2018年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Lippincott Williams and Wilkins

DOI： 10.1161/ATVBAHA.117.310581

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Chemical array system, a platform to identify novel hepatitis B virus entry inhibitors targeting sodium taurocholate cotransporting polypeptide. 査読国際誌

Kaneko M, Futamura Y, Tsukuda S, Kondoh Y, Sekine T, Hirano H, Fukano K, Ohashi H, Saso W, Morishita R, Matsunaga S, Kawai F, Ryo A, Park SY, Suzuki R, Aizaki H, Ohtani N, Sureau C, Wakita T, Osada H, Watashi K

Scientific reports 8 ( 1 ) 2769 - 2769 2018年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s41598-018-20987-w

PubMed

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Direct observation of conformational population shifts in crystalline human hemoglobin 査読

Naoya Shibayama, Mio Ohki, Jeremy R. H. Tame, Sam-Yong Park

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 292 ( 44 ) 18258 - 18269 2017年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M117.781146

Web of Science

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Molecular mechanism of photoactivation of a light-regulated adenylate cyclase 査読

Mio Ohki, Ayana Sato-Tomita, Shigeru Matsunaga, Mineo Iseki, Jeremy R. H. Tame, Naoya Shibayama, Sam-Yong Park

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 114 ( 32 ) 8562 - 8567 2017年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.1704391114

Web of Science

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Structural insights into a 20.8-kDa tegumental-allergen-like (TAL) protein from Clonorchis sinensis 査読

Chang Hwa Jo, Jonghyeon Son, Sulhee Kim, Takashi Oda, Jaehoon Kim, Myoung-Ro Lee, Mamoru Sato, Hyun Tae Kim, Satoru Unzai, Sam-Yong Park, Kwang Yeon Hwang

SCIENTIFIC REPORTS 7 ( 1 ) 1764 2017年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s41598-017-02044-0

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Cyclosporin derivatives inhibit hepatitis B virus entry without interfering with NTCP transporter activity. 査読

Shimura S, Watashi K, Fukano K, Peel M, Sluder A, Kawai F, Iwamoto M, Tsukuda S, Takeuchi JS, Miyake T, Sugiyama M, Ogasawara Y, Park SY, Tanaka Y, Kusuhara H, Mizokami M, Sureau C, Wakita T

Journal of hepatology 66 ( 4 ) 685 - 692 2017年4月

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DOI： 10.1016/j.jhep.2016.11.009

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Crystal structure of the overlapping dinucleosome composed of hexasome and octasome 査読

Daiki Kato, Akihisa Osakabe, Yasuhiro Arimura, Yuka Mizukami, Naoki Horikoshi, Kazumi Saikusa, Satoko Akashi, Yoshifumi Nishimura, Sam-Yong Park, Jumpei Nogami, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa, Atsushi Matsumoto, Hidetoshi Kono, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Hitoshi Kurumizaka

SCIENCE 356 ( 6334 ) 205 - 208 2017年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1126/science.aak9867

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G196 epitope tag system: a novel monoclonal antibody, G196, recognizes the small, soluble peptide DLVPR with high affinity

Kasumi Tatsumi, Gyosuke Sakashita, Yuko Nariai, Kosuke Okazaki, Hiroaki Kato, Eiji Obayashi, Hisashi Yoshida, Kanako Sugiyama, Sam-Yong Park, Joji Sekine, Takeshi Urano

SCIENTIFIC REPORTS 7 2017年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/srep43480

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Crystal structure of MytiLec, a galactose-binding lectin from the mussel Mytilus galloprovincialis with cytotoxicity against certain cancer cell types 査読

Daiki Terada, Fumihiro Kawai, Hiroki Noguchi, Satoru Unzai, Imtiaj Hasan, Yuki Fujii, Sam-Yong Park, Yasuhiro Ozeki, Jeremy R. H. Tame

SCIENTIFIC REPORTS 6 28344 2016年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/srep28344

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Development of an X-ray fluorescence holographic measurement system for protein crystals. 査読

Sato-Tomita A, Shibayama N, Happo N, Kimura K, Okabe T, Matsushita T, Park SY, Sasaki YC, Hayashi K

The Review of scientific instruments 87 ( 6 ) 063707 2016年6月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.4953453

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Structural insight into photoactivation of an adenylate cyclase from a photosynthetic cyanobacterium 査読

Mio Ohki, Kanako Sugiyama, Fumihiro Kawai, Hitomi Tanaka, Yuuki Nihei, Satoru Unzai, Masumi Takebe, Shigeru Matsunaga, Shin-ichi Adachi, Naoya Shibayama, Zhiwen Zhou, Ryuta Koyama, Yuji Ikegaya, Tetsuo Takahashi, Jeremy R. H. Tame, Mineo Iseki, Sam-Yong Park

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 113 ( 24 ) 6659 - 6664 2016年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.1517520113

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A Novel Tricyclic Polyketide, Vanitaracin A, Specifically Inhibits the Entry of Hepatitis B and D Viruses by Targeting Sodium Taurocholate Cotransporting Polypeptide 査読

Manabu Kaneko, Koichi Watashi, Shinji Kamisuki, Hiroki Matsunaga, Masashi Iwamoto, Fumihiro Kawai, Hirofumi Ohashi, Senko Tsukuda, Satomi Shimura, Ryosuke Suzuki, Hideki Aizaki, Masaya Sugiyama, Sam-Yong Park, Takayoshi Ito, Naoko Ohtani, Fumio Sugawara, Yasuhito Tanaka, Masashi Mizokami, Camille Sureau, Takaji Wakita

JOURNAL OF VIROLOGY 89 ( 23 ) 11945 - 11953 2015年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/JVI.01855-15

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A novel 3 ' splice site recognition by the two zinc fingers in the U2AF small subunit 査読

Hisashi Yoshida, Sam-Yong Park, Takashi Oda, Taeko Akiyoshi, Mamoru Sato, Mikako Shirouzu, Kengo Tsuda, Kanako Kuwasako, Satoru Unzai, Yutaka Muto, Takeshi Urano, Eiji Obayashi

GENES & DEVELOPMENT 29 ( 15 ) 1649 - 1660 2015年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1101/gad.267104.115

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The structure and conformational switching of Rap1B 査読

Hiroki Noguchi, Takahisa Ikegami, Aritaka Nagadoi, Yuji O. Kamatari, Sam-Yong Park, Jeremy R. H. Tame, Satoru Unzai

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 462 ( 1 ) 46 - 51 2015年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bbrc.2015.04.103

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Structure-based analysis of domain function of chitin oligosaccharide deacetylase from Vibrio parahaemolyticus 査読

Takako Hirano, Kanako Sugiyama, Yuta Sakaki, Wataru Hakamata, Sam-Yong Park, Toshiyuki Nishio

FEBS LETTERS 589 ( 1 ) 145 - 151 2015年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.febslet.2014.11.039

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Computational design of a self-assembling symmetrical β-propeller protein. 査読

Voet AR, Noguchi H, Addy C, Simoncini D, Terada D, Unzai S, Park SY, Zhang KY, Tame JR

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 111 ( 42 ) 15102 - 15107 2014年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.1412768111

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The Crystal Structure of the Active Domain of Anopheles Anti-platelet Protein, a Powerful Anti-coagulant, in Complex with an Antibody 査読

Kanako Sugiyama, Mitsuhiro Iyori, Asuka Sawaguchi, Satoko Akashi, Jeremy R. H. Tame, Sam-Yong Park, Shigeto Yoshida

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 289 ( 23 ) 16303 - 16312 2014年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M114.564526

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Capturing the Hemoglobin Allosteric Transition in a Single Crystal Form 査読

Naoya Shibayama, Kanako Sugiyama, Jeremy R. H. Tame, Sam-Yong Park

JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 136 ( 13 ) 5097 - 5105 2014年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/ja500380e

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3P036 一酸化炭素型ヘモグロビンの光解離中間体のX線結晶構造(01B. 蛋白質:構造機能相関,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Tomita Ayana, Sato Tokushi, Noguchi Hiroki, Nozawa Shunsuke, Koshihara Shin-ya, Park Sam-Yong, Shibayama Naoya, Adachi Shin-ichi

生物物理 54 ( 1 ) S254 2014年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.54.S254_6

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Homopiperazine derivatives as a novel class of proteasome inhibitors with a unique mode of proteasome binding. 査読国際誌

Kikuchi J, Shibayama N, Yamada S, Wada T, Nobuyoshi M, Izumi T, Akutsu M, Kano Y, Sugiyama K, Ohki M, Park SY, Furukawa Y

PloS one 8 ( 4 ) e60649 2013年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pone.0060649

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-7249-6418
The structure of the deacetylase domain of Escherichia coli PgaB, an enzyme required for biofilm formation: a circularly permuted member of the carbohydrate esterase 4 family 査読

Takashi Nishiyama, Hiroki Noguchi, Hisashi Yoshida, Sam-Yong Park, Jeremy R. H. Tame

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 69 ( Pt 1 ) 44 - 51 2013年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1107/S0907444912042059

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Structures of haemoglobin from woolly mammoth in liganded and unliganded states 査読

Hiroki Noguchi, Kevin L. Campbell, Chien Ho, Satoru Unzai, Sam-Yong Park, Jeremy R. H. Tame

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 68 ( Pt 11 ) 1441 - 1449 2012年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1107/S0907444912029459

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Crystal Structures of Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) from Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus in the Apo and Cefotaxime-Bound Forms 査読

Hisashi Yoshida, Fumihiro Kawai, Eiji Obayashi, Satoko Akashi, David I. Roper, Jeremy R. H. Tame, Sam-Yong Park

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 423 ( 3 ) 351 - 364 2012年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jmb.2012.07.012

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Structural basis for broad detection of genogroup II noroviruses by a monoclonal antibody that binds to a site occluded in the viral particle. 査読国際誌

Hansman GS, Taylor DW, McLellan JS, Smith TJ, Georgiev I, Tame JR, Park SY, Yamazaki M, Gondaira F, Miki M, Katayama K, Murata K, Kwong PD

Journal of virology 86 ( 7 ) 3635 - 3646 2012年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/JVI.06868-11

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Structures and oxygen affinities of crystalline human hemoglobin C (β6 Glu->Lys) in the R and R2 quaternary structures. 査読

Shibayama N, Sugiyama K, Park SY

The Journal of biological chemistry 286 ( 38 ) 33661 - 33668 2011年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M111.266056

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Crystal structure of the human centromeric nucleosome containing CENP-A. 査読国際誌

Tachiwana H, Kagawa W, Shiga T, Osakabe A, Miya Y, Saito K, Hayashi-Takanaka Y, Oda T, Sato M, Park SY, Kimura H, Kurumizaka H

Nature 476 ( 7359 ) 232 - 235 2011年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：7359

DOI： 10.1038/nature10258

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インフルエンザウイルスRNAポリメラーゼの構造解析と創薬研究

杉山佳奈子, 尾林栄治, 吉田尚史, 朴三用

日本結晶学会誌 52 ( 6 ) 271 - 278 2010年12月

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記述言語：日本語出版者・発行元：The Crystallographic Society of Japan

Influenza A virus is a major human and animal pathogen with the potential to cause catastrophic loss of life. Influenza virus reproduces rapidly, mutates frequently, and occasionally crosses species barriers. The recent emergence of swine-origin influenza H1N1 and avian influenza related to highly pathogenic forms of the human virus has highlighted the urgent need for new effective treatments. Here, we describe two crystal structures of complexes made by fragments of PA and PB1, and PB1 and PB2. These novel interfaces are surprisingly small, yet they play a crucial role in regulating the 250 kDa polymerase complex, and are completely conserved among swine, avian and human influenza viruses. Given their importance to viral replication and strict conservation, the PA/PB1 and PB1/PB2 interfaces appear to be promising targets for novel anti-influenza drugs of use against all strains of influenza A virus. It is hoped that the structures presented here will assist the search for such compounds.

DOI： 10.5940/jcrsj.52.271

CiNii Books

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00362367834?from=CiNii
Role of domains within the autotransporter Hbp/Tsh 査読

Kaoru Nishimura, Young-Ho Yoon, Atsushi Kurihara, Satoru Unzai, Joen Luirink, Sam-Yong Park, Jeremy R. H. Tame

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 66 1295 - 1300 2010年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1107/S0907444910036966

Web of Science

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Protonation states of histidine and other key residues in deoxy normal human adult hemoglobin by neutron protein crystallography. 査読

Kovalevsky A, Chatake T, Shibayama N, Park SY, Ishikawa T, Mustyakimov M, Fisher SZ, Langan P, Morimoto Y

Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography 66 1144 - 1152 2010年11月

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出版者・発行元：Pt 11

DOI： 10.1107/S0907444910025448

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A Novel Intein-Like Autoproteolytic Mechanism in Autotransporter Proteins 査読

Nami Tajima, Fumihiro Kawai, Sam-Yong Park, Jeremy R. H. Tame

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 402 ( 4 ) 645 - 656 2010年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jmb.2010.06.068

Web of Science

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0003-0909-0789
Crystallization and preliminary crystallographic studies of the butyrolactone autoregulator receptor protein (BarA) from Streptomyces virginiae 査読

Young-Ho Yoon, Fumihiro Kawai, Kanako Sugiyama, Sam-Yong Park, Takuya Nihira, Sun-Uk Choi, Yong-Il Hwang

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 66 ( 6 ) 662 - 664 2010年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1107/S1744309110009930

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0003-0909-0789
Expression, purification, physicochemical characterization and structural analysis of cytochrome C554 from Vibrio parahaemolyticus strain RIMD2210633 査読

Hideharu Akazaki, Fumihiro Kawai, Hirotaka Chida, Takako Hirano, Wataru Hakamata, Sam-Yong Park, Toshiyuki Nishio, Tadatake Oku

Biosci. Biotechnol. Biochem 74 ( 5 ) 1113-1115 2010年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Direct determination of protonation states of histidine residues in a 2 A neutron structure of deoxy-human normal adult hemoglobin and implications for the Bohr effect. 査読

Kovalevsky AY, Chatake T, Shibayama N, Park SY, Ishikawa T, Mustyakimov M, Fisher Z, Langan P, Morimoto Y

Journal of molecular biology 398 276 - 291 2010年4月

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出版者・発行元：2

DOI： 10.1016/j.jmb.2010.03.016

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新規抗インフルエンザウイルス薬の開発基盤となるRNAポリメラーゼの構造解析

朴三用

生物物理 50 ( 2 ) 74 - 79 2010年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

Influenza A virus is a major human and animal pathogen with the potential to cause catastrophic loss of life. Influenza virus reproduces rapidly, mutates frequently, and occasionally crosses species barriers. The recent emergence of swine-origin influenza H1N1 and avian influenza related to highly pathogenic forms of the human virus has highlighted the urgent need for new effective treatments. I describe two crystal structures of complexes made by fragments of PA and PB1, and PB1 and PB2. These novel interfaces are surprisingly small, yet they play a crucial role in regulating the 250 kDa polymerase complex, and are completely conserved among swine, avian and human influenza viruses. Given their importance to viral replication and strict conservation, the PA/PB1 and PB1/PB2 interfaces appear to be promising targets for novel anti-influenza drugs of use against all strains of influenza A virus. It is hoped that the structures presented here will assist the search for such compounds.<br>

DOI： 10.2142/biophys.50.074

CiNii Books

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00348858424?from=CiNii
Crystal Structures of Penicillin-Binding Proteins 4 and 5 from Haemophilus influenzae 査読

Fumihiro Kawai, Thomas B. Clarke, David I. Roper, Gab-Jo Han, Kwang Yeon Hwang, Satoru Unzai, Eiji Obayashi, Sam-Yong Park, Jeremy R. H. Tame

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 396 ( 3 ) 634 - 645 2010年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jmb.2009.11.055

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Mitotic regulation of the stability of microtubule plus-end tracking protein EB3 by ubiquitin ligase SIAH-1 and Aurora mitotic kinases. 国際誌

Reiko Ban, Hideki Matsuzaki, Tomohiro Akashi, Gyosuke Sakashita, Hisaaki Taniguchi, Sam-Yong Park, Hirofumi Tanaka, Koichi Furukawa, Takeshi Urano

The Journal of biological chemistry 284 ( 41 ) 28367 - 81 2009年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Microtubule plus-end tracking proteins (+TIPs) control microtubule dynamics in fundamental processes such as cell cycle, intracellular transport, and cell motility, but how +TIPs are regulated during mitosis remains largely unclear. Here we show that the endogenous end-binding protein family EB3 is stable during mitosis, facilitates cell cycle progression at prometaphase, and then is down-regulated during the transition to G(1) phase. The ubiquitin-protein isopeptide ligase SIAH-1 facilitates EB3 polyubiquitination and subsequent proteasome-mediated degradation, whereas SIAH-1 knockdown increases EB3 stability and steady-state levels. Two mitotic kinases, Aurora-A and Aurora-B, phosphorylate endogenous EB3 at Ser-176, and the phosphorylation triggers disruption of the EB3-SIAH-1 complex, resulting in EB3 stabilization during mitosis. Our results provide new insight into a regulatory mechanism of +TIPs in cell cycle transition.

DOI： 10.1074/jbc.M109.000273

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Structural insight into the essential PB1-PB2 subunit contact of the influenza virus RNA polymerase 査読

Sugiyama K, Obayashi E, Kawaguchi A, Suzuki Y, Tame JRH, Nagata K, Park SY

EMBO Journal 28 ( 12 ) 1803 - 1811 2009年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/emboj.2009.138

Web of Science

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RNA and protein complexes of trp RNA-binding attenuation protein characterized by mass spectrometry. 査読

Akashi S, Watanabe M, Heddle JG, Unzai S, Park SY, Tame JR

Analytical chemistry 81 ( 6 ) 2218 - 2226 2009年3月

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DOI： 10.1021/ac802354j

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Mutational Analysis of the Substrate Specificity of Escherichia coli Penicillin Binding Protein 4 査読

Thomas B. Clarke, Fumihiro Kawai, Sam-Yong Park, Jeremy R. H. Tame, Christopher G. Dowson, David I. Roper

BIOCHEMISTRY 48 ( 12 ) 2675 - 2683 2009年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/bi801993x

Web of Science

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薬物標的へのリガンドの結合を計測する生物物理学的手法

HUBBARD Roderick E., 川上善之, 明石知子, 渡邊真宏, HEDDLE Jonathan G., 雲財悟, 朴三用, TAME Jeremy R. H.

日本結晶学会誌 51 ( 1 ) 104 - 105 2009年2月

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記述言語：日本語出版者・発行元：The Crystallographic Society of Japan

DOI： 10.5940/jcrsj.51.104

CiNii Books

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Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin. 査読国際誌

Tomita A, Sato T, Ichiyanagi K, Nozawa S, Ichikawa H, Chollet M, Kawai F, Park SY, Tsuduki T, Yamato T, Koshihara SY, Adachi S

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 106 ( 8 ) 2612 - 2616 2009年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.0807774106

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The nature of the TRAP-Anti-TRAP complex. 査読

Watanabe M, Heddle JG, Kikuchi K, Unzai S, Akashi S, Park SY, Tame JR

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 106 ( 7 ) 2176 - 2181 2009年2月

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DOI： 10.1073/pnas.0801032106

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インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼPA-PB1複合体のX線結晶構造解析

尾林栄治, 吉田尚史, 朴三用

日本結晶学会誌 50 ( 6 ) 329 - 334 2009年1月

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記述言語：日本語出版者・発行元：The Crystallographic Society of Japan

Influenza A virus is a major human and animal pathogen with the potential to cause catastrophic loss of life. The virus reproduces rapidly, mutates frequently, and occasionally crosses species barriers. The recent emergence in Asia of avian influenza related to highly pathogenic forms of the human virus has highlighted the urgent need for new effective treatments. No current medication targets this heterotrimeric polymerase complex. All three subunits, PB1, PB2, and PA are required for both transcription and replication. PB1 carries the polymerise active site, PB2 includes the capped-RNA recognition domain, and PA is involved in assembly of the functional complex, but so far very little structural information has been reported for any of them. We describe the crystal structure of a large fragment of one subunit (PA) of influenza A RNA polymerise bound to a fragment of another subunit (PB1) . The C terminal domain of PA forms a novel fold, and forms a deep, highly hydrophobic groove into which the N-terminal residues of PB1 can fit by forming a 3<SUB>10</SUB> helix.

DOI： 10.5940/jcrsj.50.329

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00325072645?from=CiNii
1SA3-01 インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼにおけるサブユニット間相互作用(1SA3 インフルエンザ・ウイルスRNAポリメラーゼ研究の新展開,第47回日本生物物理学会年会)

尾林栄治, 杉山佳奈子, 吉田尚史, 河合文啓, 川口敦史, 鈴木由佳理, Tame Jeremy, 永田恭介, 朴三用

生物物理 49 S5 2009年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.49.S5_2

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3ECZ: Carbonmonoxy Sperm Whale Myoglobin at 120 K: Laser on [30 min] 査読

Tomita A, Sato T, Ichiyanagi K, Nozawa S, Ichikawa H, Chollet M, Kawai F, Park S-Y, Koshihara S, Adachi S

2009年

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DOI： 10.2210/pdb3ecz/pdb

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-7119-2017
2ZSO: Carbonmonoxy Sperm Whale Myoglobin at 100 K: Laser on [450 min] 査読

Tomita A, Sato T, Ichiyanagi K, Nozawa S, Ichikawa H, Chollet M, Kawai F, Park S-Y, Koshihara S, Adachi S

2009年

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DOI： 10.2210/pdb2zso/pdb

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-7119-2017
Physicochemical properties of diheme cytochrome c4 of unknown function from Vibrio parahaemolyticus strain RIMD2210633. 査読

Akazaki H, Futami Y, Shibayama N, Shirasaki I, Nakade H, Chida H, Hakamata W, Park SY, Nishio T, Oku T

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 72 ( 10 ) 2791 - 2794 2008年10月

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記述言語：英語出版者・発行元：10

To characterize a diheme cytochrome <I>c</I><SUB>4</SUB> of unknown functional of the <I>Vibrio</I> genus for the first time, the <I>Vibrio parahaemolyticus</I> cytochrome <I>c</I><SUB>4</SUB> was overexpressed in <I>Escherichia coli</I> periplasm using the endogenous signal sequence. The physicochemical properties of the purified recombinant protein, <I>viz.</I>, molecular mass, UV/Vis, and CD spectra, and the redox potentials of the N- and C-terminal domain hemes were determined.

DOI： 10.1271/bbb.80380

PubMed

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00319864669?from=CiNii
The structural basis for an essential subunit interaction in influenza virus RNA polymerase 査読

Obayashi E, Yoshida H, Kawai F, Shibayama N, Kawaguchi A, Nagata K, Tame JRH, Park SY

Nature 454 ( 7208 ) 1127 - 0 2008年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature07225

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Intersubunit linker length as a modifier of protein stability: crystal structures and thermostability of mutant TRAP. 査読

Watanabe M, Mishima Y, Yamashita I, Park SY, Tame JR, Heddle JG

Protein science : a publication of the Protein Society 17 ( 3 ) 518 - 526 2008年3月

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DOI： 10.1110/ps.073059308

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A common mechanism for the ATP-DnaA-dependent formation of open complexes at the replication origin. 査読

Ozaki, S, Kawakami, H, Nakamura, K, Fujikawa, N, Kagawa, W, Park, SY, Yokoyama, S, Kurumizaka, H

The Journal of biological chemistry 283 ( 13 ) 8351 - 8362 2008年3月

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記述言語：英語

DOI： 10.1074/jbc.M708684200

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0001-7412-3722
Crystal structures of the clock protein EA4 from the silkworm Bombyx mori. 査読

Hiraki T, Shibayama N, Akashi S, Park SY

Journal of molecular biology 377 630 - 635 2008年3月

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出版者・発行元：3

DOI： 10.1016/j.jmb.2008.01.020

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Cloning,expressionand purification of cytochrome c6 from the brown alga Hizikia fusiformis and complete X-ray diffraction analysis of the structure 査読

Hideharu Akazaki, Fumihiro Kawai, Hirotaka Chida, Yuichirou Matsumoto, Mao Hirayama, Ken Hoshikawa, Satoru Unzai, Wataru Hakamata, Toshiyuki Nishio, Sam-Yong Park, Tadatake OKu

Acta Crystallographica Section D F64 674-680 2008年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Protonation states of buried histidine residues in human deoxyhemoglobin revealed by neutron crystallography. 査読

Chatake T, Shibayama N, Park SY, Kurihara K, Tamada T, Tanaka I, Niimura N, Kuroki R, Morimoto Y

Journal of the American Chemical Society 129 ( 48 ) 14840 - 14841 2007年12月

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DOI： 10.1021/ja0749441

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Effect of N-terminal residues on the structural stability of recombinant horse L-chain apoferritin in an acidic environment 査読

Keiko Yoshizawa, Yumiko Mishima, Sam-Yong Park, Jonathan G. Heddle, Jeremy R. H. Tame, Kenji Iwahori, Mime Kobayashi, Ichiro Yamashita

JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 142 ( 6 ) 707 - 713 2007年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/jb/mvm187

Web of Science

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Structural and mutational analysis of tRNA intron-splicing endonuclease from Thermoplasma acidophilum DSM 1728: catalytic mechanism of tRNA intron-splicing endonucleases 査読

J Bacteriol. 189 ( 22 ) 8339 - 8346 2007年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/JB.00713-07

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Crystallization and preliminary crystallographic studies of the metalloglycoprotein esterase A4 using a baculovirus expression system. 査読

Hiraki T, Shibayama N, Yoon YH, Yun KM, Hamamoto T, Tame JR, Park SY

Acta crystallographica. Section F, Structural biology and crystallization communications 63 734 - 736 2007年9月

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出版者・発行元：Pt 9

DOI： 10.1107/S1744309107033854

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Dynamic allostery in the ring protein TRAP 査読

Jonathan G. Heddle, Tomoyuki Okajima, David J. Scott, Satoko Akashi, Sam-Yong Park, Jeremy R. H. Tame

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 371 ( 1 ) 154 - 167 2007年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jmb.2007.05.013

Web of Science

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Structure and mechanism of HpcG, a hydratase in the homoprotocatechuate degradation pathway of Escherichia coli 査読

Atsushi Izumi, Dean Rea, Tomoko Adachi, Satoru Unzai, Sam-Yong Park, David I. Roper, Jeremy R. H. Tame

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 370 ( 5 ) 899 - 911 2007年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jmb.2007.05.006

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Nickel binding to NikA: an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography. 査読

Addy C, Ohara M, Kawai F, Kidera A, Ikeguchi M, Fuchigami S, Osawa M, Shimada I, Park SY, Tame JR, Heddle JG

Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography 63 ( Pt 2 ) 221 - 229 2007年2月

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DOI： 10.1107/S0907444906048712

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1P016 セルフタイマーを内蔵するタンパク質EA4(蛋白質(構造・構造機能相関),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

柴山修哉, 開俊樹, 明石知子, Tame Jeremy R. H., 朴三用

生物物理 47 S27 2007年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.47.S27_3

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Expression, purification and crystallization of 2-oxo-hept-4-ene-1,7-dioate hydratase (HpcG) from Escherichia coli C

Dean Rea, Tomoko Adachi, Atsushi Izumi, Sam-Yong Park, Jeremy R. H. Tame, David I. Roper

Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications 62 ( 10 ) 1010 - 1012 2006年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1107/S1744309106035901

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1.25 A resolution crystal structures of human haemoglobin in the oxy, deoxy and carbonmonoxy forms. 査読

Park SY, Yokoyama T, Shibayama N, Shiro Y, Tame JR

Journal of molecular biology 360 690 - 701 2006年7月

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出版者・発行元：3

DOI： 10.1016/j.jmb.2006.05.036

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Rounding up: Engineering 12-membered rings from the cyclic 11-mer TRAP 査読

JG Heddle, T Yokoyama, Yamashita, I, SY Park, JRH Tame

STRUCTURE 14 ( 5 ) 925 - 933 2006年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.str.2006.03.013

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Crystal structure of penicillin binding protein 4 (dacB) from Escherichia coli, both in the native form and covalently linked to various antibiotics 査読

H Kishida, S Unzai, DI Roper, A Lloyd, SY Park, JRH Tame

BIOCHEMISTRY 45 ( 3 ) 783 - 792 2006年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/bi051533t

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Crystal structure of hemoglobin protease, a heme binding autotransporter protein from pathogenic Escherichia coli 査読

BR Otto, R Sijbrandi, J Luirink, B Oudega, JG Heddle, K Mizutani, SY Park, JRH Tame

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 280 ( 17 ) 17339 - 17345 2005年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M412885200

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Crystal structure of a novel polyisoprenoid-binding protein from Thermus thermophilus HB8 査読

Noriko Handa, Takaho Terada, Yukiko Doi-Katayama, Hiroshi Hirota, Jeremy R. H. Tame, Sam-Yong Park, Seiki Kuramitsu, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama

Protein Science 14 ( 4 ) 1004 - 1010 2005年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1110/ps.041183305

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1P018 タンパク質単独で機能する分子時計EA4の結晶構造(蛋白質 A) 構造))

開俊樹, 柴山修哉, Tame Jeremy R.H., 朴三用

生物物理 45 S36 2005年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.45.S36_2

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3P328 ウマ牌臓由来フェリチン変異体の機能・構造解析(バイオエンジニアリング))

三島由美子, 岩堀健治, 朴三用, Heddle Jonathan, Tame Jeremy R.H., 山下一郎

生物物理 45 S285 2005年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.45.S285_4

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Multi-wavelength anomalous diffraction method for I and Xe atoms using ultra-high-energy X-rays from SPring-8 査読

K Takeda, H Miyatake, SY Park, M Kawamoto, N Kamiya, K Miki

JOURNAL OF APPLIED CRYSTALLOGRAPHY 37 ( 6 ) 925 - 933 2004年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1107/S0021889804023076

Web of Science

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Crystal structure of a conserved hypothetical protein TT1751 from Thermus thermophilus HB8 査読

S Kishishita, A Tatsuguchi, R Ushikoshi-Nakayama, T Terada, S Kuramitsu, SY Park, JRH Tame, M Shirouzu, S Yokoyama

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 57 ( 4 ) 883 - 887 2004年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/prot.20282

Web of Science

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Crystal structures of unliganded and half-liganded human hemoglobin derivatives cross-linked between Lys 82beta1 and Lys 82beta2. 査読

Park SY, Shibayama N, Hiraki T, Tame JR

Biochemistry 43 8711 - 8717 2004年7月

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出版者・発行元：27

DOI： 10.1021/bi049932w

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Novel mechanisms of pH sensitivity in tuna hemoglobin - A structural explanation of the root effect 査読

T Yokoyama, KT Chong, G Miyazaki, H Morimoto, DTB Shih, S Unzai, JRH Tame, SY Park

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 279 ( 27 ) 28632 - 28640 2004年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M401740200

Web of Science

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Crystal Structure of the Conserved Hypothetical Protein TT1380 from Thermus thermophilus HB8 査読

Takashi Wada, Mikako Shirouzu, Takaho Terada, Yuki Kamewari, Sam-Yong Park, Jeremy R.H. Tame, Seiki Kuramitsu, Shigeyuki Yokoyama

Proteins: Structure, Function and Genetics 55 ( 3 ) 778 - 780 2004年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/prot.20122

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Crystal structures of the catalytic domains of pseudouridine synthases RluC and RluD from Escherichia coli 査読

K Mizutani, Y Machida, S Unzai, SY Park, JRH Tame

BIOCHEMISTRY 43 ( 15 ) 4454 - 4463 2004年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/bi036079c

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2P006 ヒトヘモグロビンの中性子回折による構造研究(蛋白質 A) 構造) 査読

森本幸生, 朴三用, 柴山修哉, 栗原和男, 田中伊知朗, 玉田太郎, 黒木良太, 新村信雄

生物物理 44 ( 0 ) S111 2004年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.44.S111_2

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2P005 Bacteroides fragilis由来ヘム結合蛋白質P46のX線結晶構造解析(蛋白質 A) 構造)

泉厚志, Otto Ben, Heddle Jonathan, 朴三用, Tame Jeremy R.H.

生物物理 44 S111 2004年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.44.S111_1

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2P099 大腸菌rRNAシュードウリジン化酵素RluDとRluCの結晶構造解析(核酸結合蛋白質)

水谷健二, 町田佳隆, 雲財悟, 朴三用, Tame Jeremy R.H.

生物物理 44 S134 2004年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.44.S134_3

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3SB04 光解離に伴うヘモグロビン構造変化の直接観測(蛋白質場の精密化学)

足立伸一, 城宜嗣, 朴三用, Tame Jeremy R. H., 柴山修哉

生物物理 44 S20 2004年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.44.S20_4

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Crystal structures of the liganded and unliganded nickel-binding protein NikA from Escherichia coli 査読

J Heddle, DJ Scott, S Unzai, SY Park, JRH Tame

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 278 ( 50 ) 50322 - 50329 2003年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M307941200

Web of Science

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Infrared spectroscopic and mutational studies on putidaredoxin-induced conformational changes in ferrous CO-P450cam 査読

S Nagano, H Shimada, A Tarumi, T Hishiki, Y Kimata-Ariga, T Egawa, M Suematsu, SY Park, S Adachi, Y Shiro, Y Ishimura

BIOCHEMISTRY 42 ( 49 ) 14507 - 14514 2003年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/bi035410p

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Crystal structure of the human centromere protein B (CENP-B) dimerization domain at 1.65-A resolution

Tawaramoto, MS, Park SY, Tanaka, Y, Nureki, O, Kurumizaka, H, Yokoyama, S

The Journal of Biological Chemistry 278 ( 51 ) 51454 - 51461 2003年12月

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記述言語：英語

DOI： 10.1074/jbc.M310388200

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Crystal structure of 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase, an enzyme in the non-mevalonate pathway of isoprenoid synthesis. 査読

Wada T, Kuzuyama T, Satoh S, Kuramitsu S, Yokoyama S, Unzai S, Tame JR, Park SY

The Journal of biological chemistry 278 ( 32 ) 30022 - 30027 2003年8月

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DOI： 10.1074/jbc.M304339200

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Crystal structure of the conserved protein TT1542 from Thermus thermophilus HB8. 査読

Handa N, Terada T, Kamewari Y, Hamana H, Tame JR, Park SY, Kinoshita K, Ota M, Nakamura H, Kuramitsu S, Shirouzu M, Yokoyama S

Protein science : a publication of the Protein Society 12 ( 8 ) 1621 - 1632 2003年8月

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出版者・発行元：8

DOI： 10.1110/gad.03104003

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Structure of a conserved CoA-binding protein synthesized by a cell-free system 査読

T Wada, M Shirouzu, T Terada, Y Ishizuka, T Matsuda, T Kigawa, S Kuramitsu, SY Park, JRH Tame, S Yokoyama

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 59 1213 - 1218 2003年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1107/S0907444903011028

Web of Science

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Direct observation of photolysis-induced tertiary structural changes in hemoglobin. 査読

Adachi S, Park SY, Tame JR, Shiro Y, Shibayama N

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 100 7039 - 7044 2003年6月

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出版者・発行元：12

DOI： 10.1073/pnas.1230629100

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Substrate recognition and molecular mechanism of fatty acid hydroxylation by cytochrome P450 from Bacillus subtilis - Crystallographic, spectroscopic, and mutational studies

DS Lee, A Yamada, H Sugimoto, Matsunaga, I, H Ogura, K Ichihara, S Adachi, SY Park, Y Shiro

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 278 ( 11 ) 9761 - 9767 2003年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M211575200

Web of Science

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Structure and catalytic mechanism of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate (MECDP) synthase, an enzyme in the non-mevalonate pathway of isoprenoid synthesis. 査読

Kishida H, Wada T, Unzai S, Kuzuyama T, Takagi M, Terada T, Shirouzu M, Yokoyama S, Tame JR, Park SY

Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography 59 ( Pt 1 ) 23 - 31 2003年1月

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DOI： 10.1107/S0907444902017705

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Crystal structure of horse carbonmonoxyhemoglobin-bezafibrate complex at 1.55-A resolution. A novel allosteric binding site in R-state hemoglobin. 査読

Shibayama N, Miura S, Tame JR, Yonetani T, Park SY

The Journal of biological chemistry 277 38791 - 38796 2002年10月

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出版者・発行元：41

DOI： 10.1074/jbc.M205461200

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Thermophilic cytochrome P450 (CYP119) from Sulfolobus solfataricus: high resolution structure and functional properties 査読

SY Park, K Yamane, S Adachi, Y Shiro, KE Weiss, SA Maves, SG Sligar

JOURNAL OF INORGANIC BIOCHEMISTRY 91 ( 4 ) 491 - 501 2002年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Crystal structures of deoxy- and carbonmonoxyhemoglobin F1 from the hagfish Eptatretus burgeri 査読

M Mito, KT Chong, G Miyazaki, S Adachi, SY Park, JRH Tame, H Morimoto

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 277 ( 24 ) 21898 - 21905 2002年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M111492200

Web of Science

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Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of fatty-acid hydroxylase cytochrome P450BS beta from Bacillus subtilis 査読

DS Lee, A Yamada, Matsunaga, I, K Ichihara, S Adachi, SY Park, Y Shiro

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 58 687 - 689 2002年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1107/S0907444902001762

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X-ray structure of nitric oxide reductase (cytochrome P450nor) at atomic resolution

H Shimizu, SY Park, Y Shiro, S Adachi

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 58 81 - 89 2002年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1107/S0907444901017383

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2J1630 T型およびR型ヘモグロビン-CO光解離中間体の低温結晶構造解析(2.ヘム蛋白質,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

足立伸一, 朴三用, Tame Jeremy, 城宜嗣, 柴山修哉

生物物理 42 ( 2 ) S128 2002年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.42.S128_4

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Molecular mechanism of nitric oxide reduction catalyzed by fungal nitric oxide reductase 査読

E Obayashi, H Shimizu, S Park, H Nakamura, S Takahashi, H Shoun, Y Shiro

OXYGEN AND LIFE: OXYGENASES, OXIDASE AND LIPID MEDIATORS 1233 59 - 62 2002年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

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Characterization of the oxygenated intermediate of the thermophilic cytochrome P450 CYP119 査読

Ilia G. Denisov, Shao-Ching Hung, Kara E. Weiss, Mark A. McLean, Yoshitsugu Shiro, Sam-Yong Park, Paul M. Champion, Stephen G. Sligar

Journal of Inorganic Biochemistry 87 ( 4 ) 215 - 226 2001年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0162-0134(01)00328-2

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Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the light-harvesting protein phycocyanin from the thermophilic cyanobacterium Synechococcus elongatus 査読

Y Toriumi, SY Park, H Hashimoto, H Shimizu, M Hirano, N Kamiya

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 57 1326 - 1328 2001年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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The RIKEN structural biology beamline II (BL44B2) at the SPring-8 査読

S Adachi, T Oguchi, H Tanida, SY Park, H Shimizu, H Miyatake, N Kamiya, Y Shiro, Y Inoue, T Ueki, T Iizuka

NUCLEAR INSTRUMENTS & METHODS IN PHYSICS RESEARCH SECTION A-ACCELERATORS SPECTROMETERS DETECTORS AND ASSOCIATED EQUIPMENT 467 711 - 714 2001年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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The functional similarity and structural diversity of human and cartilaginous fish hemoglobins 査読

Y Naoi, KT Chong, K Yoshimatsu, G Miyazaki, JRH Tame, SY Park, S Adachi, H Morimoto

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 307 ( 1 ) 259 - 270 2001年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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1P050種間キメラシトクロムcの立体構造およびその安定性

山本栄治, 柴山修哉, 西郷敏, 朴三用

生物物理 41 S45 2001年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.41.S45_2

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2P065薬剤結合でヘモグロビンのR状態の酸素親和性を変えることができる

柴山修哉, Tame Jeremy, 米谷隆, 朴三用

生物物理 41 S112 2001年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.41.S112_1

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X-ray crystal structure and catalytic properties of Thr252Ile mutant of cytochrome P450cam: Roles of Thr252 and water in the active center 査読

T Hishiki, H Shimada, S Nagano, T Egawa, Y Kanamori, R Makino, SY Park, S Adachi, Y Shiro, Y Ishimura

JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 128 ( 6 ) 965 - 974 2000年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a cytochrome P450 (CYP119) from Sulfolobus solfataricus 査読

SY Park, K Yamane, S Adachi, Y Shiro, KE Weiss, SG Sligar

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 56 1173 - 1175 2000年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Crystal structure of nitric oxide reductase cytochrome P-450(nor) Fusarium oxysporum 査読

SY Park, H Shimizu, SI Adachi, Y Shiro, T Iizuka, H Shoun

OXYGEN HOMEOSTASIS AND ITS DYNAMICS 1 147 - 155 1998年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

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Crystallization, preliminary diffraction and electron paramagnetic resonance studies of a single crystal of cytochrome P450nor 査読

SY Park, H Shimizu, S Adachi, Y Shiro, T Iizuka, A Nakagawa, Tanaka, I, H Shoun, H Hori

FEBS LETTERS 412 ( 2 ) 346 - 350 1997年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0014-5793(97)00795-3

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Functional and structural comparison of nitric oxide reductases from denitrifying fungi Cylindrocarpon tonkinense and Fusarium oxysporum 査読

N Toritsuka, H Shoun, UP Singh, SY Park, T Iizuka, Y Shiro

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEIN STRUCTURE AND MOLECULAR ENZYMOLOGY 1338 ( 1 ) 93 - 99 1997年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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High-resolution crystal structure of magnesium (MgII)-iron (FeII) hybrid hemoglobin with liganded beta subunits 査読

SY Park, A Nakagawa, H Morimoto

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 255 ( 5 ) 726 - 734 1996年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1006/jmbi.1996.0059

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-1700-7861

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スプライシングタンパク質U2AF1によるイントロン認識機構のX線結晶構造解析

吉田尚史, 吉田尚史, 朴三用, 成相裕子, 坂下暁介, 桑迫香奈子, 武藤裕, 浦野健, 尾林栄治

日本生化学会大会(Web) 94th 2021年

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スプライシングタンパク質U2AF1によるイントロン認識機構の解明

吉田尚史, 朴三用, 坂下暁介, 成相裕子, 桑迫香奈子, 武藤裕, 浦野健, 尾林栄治

生体分子科学討論会講演要旨集 47th 2021年

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最近の研究から光活性化アデニル酸シクラーゼ合成酵素OaPACの活性化機構解明

大木規央, 朴三用

日本結晶学会誌 59 ( 2 ) 102 - 107 2017年6月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本結晶学会

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Seeing the light with BLUF proteins

Sam-Yong Park, Jeremy R. H. Tame

Biophysical Reviews 9 ( 2 ) 169 - 176 2017年4月

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記述言語：英語掲載種別：書評論文，書評，文献紹介等出版者・発行元：Springer Verlag

DOI： 10.1007/s12551-017-0258-6

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X-Ray Fluorescence Holography for Proteins: Application to Hemoglobin and Myoglobin

Ayana Sato-Tomita, Naohisa Happo, Sam-Yong Park, Koichi Hayashi, Yuji C. Sasaki, Naoya Shibayama

BIOPHYSICAL JOURNAL 112 ( 3 ) 579A - 579A 2017年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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New Structural Analysis Methods for Hemoglobin Crystals. Time-Resolved Cryogenic X-Ray Crystallography with Extended Pulsed-Laser Pumping and 3D Imaging by X-Ray Fluorescence Holography

Ayana Sato-Tomita, Shin-ichi Adachi, Sam-Yong Park, Yuji C. Sasaki, Koichi Hayashi, Naoya Shibayama

BIOPHYSICAL JOURNAL 110 ( 3 ) 160A - 160A 2016年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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特殊なヌクレオソームの立体構造解析

加藤大貴, 越阪部晃永, 足立風水也, 水上優夏, 有村泰宏, 七種和美, 七種和美, 明石知子, 西村善文, 朴三用, 松本淳, 河野秀俊, 井上倫太郎, 杉山正明, 胡桃坂仁志

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th 2016年

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Vibrio属細菌由来キチンオリゴ糖脱アセチル化酵素の諸性質・構造および生成糖の生理機能(応用糖質科学シンポジウム)

平野貴子, 杉山佳奈子, 坂木祐太, 上原理絵, 白石清香, 袴田航, 朴三用, 西尾俊幸

応用糖質科学 : 日本応用糖質科学会誌 5 ( 2 ) 113 - 119 2015年5月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本応用糖質科学会

一般に,海洋細菌であるVibrio属細菌は,キチナーゼを分泌してN,N'-diacetylchitobiose[(GlcNAc)_2]を生産することが知られている。しかし,一部の菌はさらにキチンオリゴ糖脱アセチル化酵素(COD)を分泌し,菌体外最終産物としてβ-N-acetyl-D-glucosaminyl-(1,4)-D-glucosamine(GlcNAc-GlcN)を生産する。CODは,Carbohydrate esterase family 4に分類され(GlcNAc)_2に特異性の高い脱アセチル化酵素として2010年にEC 3.5.1.105が付された酵素である。CODの酵素化学的性質については,数種のVibrio属細菌由来の酵素で報告されている。最近,我々はVibrio parahaemolyticus由来CODが1つの活性ドメイン(PDD)と2つのキチン結合ドメイン(CBD)から成ることを立体構造から確認した。また,各ドメインがそれぞれ独立して機能することも解明した。さらにGlcNAc-GlcNは,COD生産性Vibrio属細菌に特異的なキチナーゼ生産誘導因子および遊走性因子であることも明らかにした。これらのことから,CODは一部のVibrio属細菌にとってはキチン利用のためのシグナル分子生産に必須な酵素であることがわかった。

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S3-4 海洋細菌のキチンオリゴ糖脱アセチル化酵素に関する研究(応用糖質科学シンポジウム,日本応用糖質科学会平成26年度大会(第63回))

平野貴子, 杉山佳奈子, 坂木祐太, 上原理絵, 白石晴香, 袴田航, 朴三用, 西尾俊幸

応用糖質科学 : 日本応用糖質科学会誌 4 ( 3 ) 2014年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本応用糖質科学会

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Aa-8 Vibrio parahaemolyticus由来キチンオリゴ糖デアセチラーゼのキチン結合ドメインの機能解析(キチナーゼ・キチン関連酵素,一般講演,日本応用糖質科学会平成25年度大会(第62回))

坂木祐太, 平野貴子, 杉山佳奈子, 袴田航, 朴三用, 西尾俊幸

応用糖質科学 : 日本応用糖質科学会誌 3 ( 3 ) B26 2013年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本応用糖質科学会

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Ba2-5 Vibrio属細菌由来キチンオリゴ糖デアセチラーゼの構造解析および諸性質調査(バイオマス関連酵素(キチナーゼ・キトサナーゼ他),一般講演,日本応用糖質科学会平成24年度大会(第61回))

前原佑哉, 杉山佳奈子, 坂木祐太, 上原理絵, 平野貴子, 袴田航, 朴三用, 西尾俊幸

応用糖質科学 : 日本応用糖質科学会誌 2 ( 3 ) B52 2012年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本応用糖質科学会

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Vibrio 属由来キチンオリゴ糖デアセチラーゼの酵素化学研究

平野貴子, 杉山佳奈子, 前原佑哉, 坂木祐太, 上原理絵, 袴田航, 朴三用, 西尾俊幸

キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research 18 ( 2 ) 140 - 141 2012年7月

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記述言語：日本語

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Structure of PB1-PB2 subunit interface of inflenza A virus RNA polymerase

Kanako Sugiyama, Eiji Obayashi, Atsushi Kawaguchi, Yukari Suzuki, Jeremy R. H. Tame, Kyosuke Nagata, Sam-Yong Park

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 67 C411 - C412 2011年

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

DOI： 10.1107/S0108767311089677

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The structural basis for the essential PA-PB1 subunit interaction in influenza RNA polymerase

Hisashi Yoshida, Eiji Obayashi, Atsushi Kawaguchi, Kyosuke Nagata, Jeremy R. H. Tame, Sam-Yong Park

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 67 C413 - C413 2011年

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

DOI： 10.1107/S0108767311089641

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Autotransporter passenger proteins: virulence factors with common structural themes

Kaoru Nishimura, Nami Tajima, Young-Ho Yoon, Sam-Yong Park, Jeremy R. H. Tame

JOURNAL OF MOLECULAR MEDICINE-JMM 88 ( 5 ) 451 - 458 2010年5月

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記述言語：英語掲載種別：書評論文，書評，文献紹介等

DOI： 10.1007/s00109-010-0600-y

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Inhibition of Electron Acceptance from Ascorbate by the Specific N-carbethoxylations of Maize Cytochrome b_<561> : A Common Mechanism for the Transmembrane Electron Transfer in Cytochrome b_<561> Protein Family

Nakanishi Nobuyuki, Rahman Md Motiur, Sakamoto Yoichi, MIURA Masahiro, TAKEUCHI Fusako, PARK Sam-Yong, TSUBAKI Motonari

The journal of biochemistry 146 ( 6 ) 857 - 866 2009年12月

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記述言語：英語出版者・発行元：Japanese Biochemical Society

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質量分析によるタンパク質-タンパク質およびタンパク質-RNA複合体の構造研究 : X線結晶構造解析と質量分析で見えてくる生体超分子の構造

明石知子, 渡邊真宏, HEDDLE Jonathan G., 雲財悟, 朴三用, TAME Jeremy R. H.

日本結晶学会誌 51 ( 1 ) 105 - 106 2009年2月

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記述言語：日本語

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ついに解明! インフルエンザウイルス増殖の謎--増殖に関与するRNAポリメラーゼの立体構造

尾林栄治, 朴三用

化学 64 ( 2 ) 25 - 29 2009年2月

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記述言語：日本語出版者・発行元：化学同人

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Crystallization and structural analysis of cytochrome c(6) from the diatom Phaeodactylum tricornutum at 1.5 A resolution.

奥忠武, Akazaki H, Kawai F, Hosokawa M, Hama T, Chida H, Hirano T, Lim BK, Sakurai N, Hakamata W, Park SY, Nishio T, Oku T

Biosci. Biotechnol. Biochem. 73 ( 1 ) 189 - 191 2009年

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記述言語：英語出版者・発行元：Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry

We determined for the first time the crystal structure of diatom cytochrome <I>c</I><SUB>6</SUB> from <I>Phaeodactylum tricornutum</I> at 1.5 Å resolution. The overall structure of the protein was classified as a class I <I>c</I>-type cytochrome. The physicochemical properties of the protein were examined by denaturation with guanidine hydrochloride and urea, and compared with those of other algal cytochrome <I>c</I><SUB>6</SUB>.

DOI： 10.1271/bbb.80472

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00324722886?from=CiNii
Slow ligand migration dynamics in carbonmonoxy myoglobin at cryogenic temperature

Ayana Tomita, Tokushi Sato, Kouhei Ichiyanagi, Shunsuke Nozawa, Hirohiko Ichikawa, Matthieu Chollet, Fumihiro Kawai, Sam-Yong Park, Shin-ya Koshihara, Shin-ichi Adachi

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 64 C358 - C358 2008年

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

DOI： 10.1107/S0108767308088545

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パルス中性子源を用いたヒト由来デオキシヘモグロビンの中性子実験

茶竹俊行, 石川卓哉, KOVALEVSKYI Andrii Y., 柴山修哉, PARK Sam-Yong, MUSTYAKIMOV Marat, LANGAN Paul, 森本幸生

京都大学原子炉実験所学術講演会報文集 42nd 2008年

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R-state haemoglobin with low oxygen affinity: Crystal structures of deoxy human and carbonmonoxy horse haemoglobin bound to the effector molecule L35

T Yokoyama, S Neya, A Tsuneshige, T Yonetani, SY Park, JRH Tame

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 356 ( 3 ) 790 - 801 2006年2月

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/j.jmb.2005.12.018

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Crystal structure of oxidised cytochrome c6A from Alabidopsis thaliana

奥忠武, Chida H, Yokoyama T, Kawai F, Nakazawa A, Akazaki H, Takayama Y, Hirano T, Suruga K, Satoh T, Yamada S, Kawachi R, Unzai S, Nishio T, Park SY, Oku T

FEBS Letters 580 ( 15 ) 3763 - 3768 2006年

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DOI： 10.1016/j.febslet.2006.05.067

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デオキシヘモグロビンの中性子構造の精密化により明らかにされた,ヒスチジン残基のプロトネーション

茶竹俊行, PARK Sam-Yong, 柴山修哉, 森本幸生

日本中性子科学会年会講演概要集 6th 2006年

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The crystal structures of the ferric and ferrous forms of the heme complex of HmuO, a heme oxygenase of Corynebacterium diphtheriae

S Hirotsu, GC Chu, M Unno, DS Lee, T Yoshida, SY Park, Y Shiro, M Ikeda-Saito

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 279 ( 12 ) 11937 - 11947 2004年3月

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記述言語：英語

DOI： 10.1074/jbc.M311631200

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高エネルギー領域での多波長異常分散法による位相決定

宮武秀行, 竹田一旗, 朴三用, 河本正秀, 神谷信夫, 三木邦夫

生物物理 43 ( 0 ) S2 2003年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.43.S2_2

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EXAFS analysis for heme ligands in CO-dependent transcriptional activator CooA

H Nakajima, E Nakagawa, S Aono, SY Park, H Miyatake, Y Shiro

JOURNAL OF INORGANIC BIOCHEMISTRY 86 ( 1 ) 355 - 355 2001年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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Structural characterization of n-butyl-isocyanide complexes of cytochromes P450nor and P450cam

DS Lee, SY Park, K Yamane, E Obayashi, H Hori, Y Shiro

BIOCHEMISTRY 40 ( 9 ) 2669 - 2677 2001年3月

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記述言語：英語

DOI： 10.1021/bi002225s

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Crystal structure of rat biliverdin reductase

A Kikuchi, SY Park, H Miyatake, DY Sun, M Sato, T Yoshida, Y Shiro

NATURE STRUCTURAL BIOLOGY 8 ( 3 ) 221 - 225 2001年3月

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記述言語：英語

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Redox properties and coordination structure of the heme in the CO-sensing transcriptional activator CooA

H Nakajima, Y Honma, T Tawara, T Kato, SY Park, H Miyatake, Y Shiro, S Aono

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 276 ( 10 ) 7055 - 7061 2001年3月

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記述言語：英語

DOI： 10.1074/jbc.M003972200

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A positively charged cluster formed in the heme-distal pocket of cytochrome P450nor is essential for interaction with NADH

T Kudo, N Takaya, SY Park, Y Shiro, H Shoun

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 276 ( 7 ) 5020 - 5026 2001年2月

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記述言語：英語

DOI： 10.1074/jbc.M007244200

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n-Butyl-isocyanide結合型P450のX線結晶構造解析

40 2669 - 2677 2001年

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一酸化炭素センサータンパク質CooAの機能解析

276 7055 - 7061 2001年

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Rat Biliverdinの還元構造のX線結晶構造解析

8 7055 - 7061 2001年

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サメヘモグロビンのX線結晶構造解析

307 259 - 270 2001年

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Mechanism of Molecular Evolution of Vertebrate Hemoglobin Deduced from the Structural Comparison of Cartilaginous Fish hemoglobins with Human Hemoglobin

Journal of molecular biology 307 259 - 270 2001年

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DOI： 10.1006/jmbi.2000.4446

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NADH結合部位のX線結晶構造解析

276 5020 - 5026 2001年

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Structure of cytochrome c(6) from the red alga Porphyra yezoensis at 1.57 angstrom resolution

S Yamada, SY Park, H Shimizu, Y Koshizuka, K Kadokura, T Satoh, K Suruga, M Ogawa, Y Isogai, T Nishio, Y Shiro, T Oku

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 56 1577 - 1582 2000年12月

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記述言語：英語

DOI： 10.1107/S090744490001461X

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Mutation effects of a conserved threonine (Thr243) of cytochrome P450nor on its structure and function

E Obayashi, H Shimizu, SY Park, H Shoun, Y Shiro

JOURNAL OF INORGANIC BIOCHEMISTRY 82 ( 1-4 ) 103 - 111 2000年11月

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/S0162-0134(00)00161-6

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ヘム代謝系酵素ビリベルジンリダクターゼの構造

菊地晶裕, 朴三用, 宮武秀行, 清水英明, 足立伸一, 城宜嗣, 孫丹宇, 佐藤道比古, 吉田匡

生化学 72 ( 8 ) 760 2000年8月

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記述言語：日本語

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Sensory mechanism of oxygen sensor FixL from Rhizobium meliloti: Crystallographic, mutagenesis and resonance Raman spectroscopic studies

H Miyatake, M Mukai, SY Park, S Adachi, K Tamura, H Nakamura, K Nakamura, T Tsuchiya, T Iizuka, Y Shiro

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 301 ( 2 ) 415 - 431 2000年8月

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記述言語：英語

DOI： 10.1006/jmbi.2000.3954

Web of Science

PubMed

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Crystal structures of cytochrome P450nor and its mutants (Ser286 -> Val, Thr) in the ferric resting state at cryogenic temperature: a comparative analysis with monooxygenase cytochrome P450s

H Shimizu, SY Park, DS Lee, H Shoun, Y Shiro

JOURNAL OF INORGANIC BIOCHEMISTRY 81 ( 3 ) 191 - 205 2000年8月

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/S0162-0134(00)00103-3

Web of Science

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理研ビームラインII(BL44B2)の現状

足立伸一, 宮武秀行, 朴三用, 神谷信夫, 城宜嗣, 井上頼直, 小口拓世, 谷田肇, 植木龍夫, 飯塚哲太郎

日本結晶学会誌 42 ( 1 ) 106 - 113 2000年2月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本結晶学会

RIKEN beamline II (BL44B2) is dedicated to macromolecular crystallography in white and monochromatic X-ray mode, and XAFS of diluted biological systems. The user run was started since April 1998, and lots of scientific applications including time-resolved (intermediate state) protein crystallography, protein crystallography at atomic resolution, phasing with anomalous scattering, membrane protein crystallography, and fluorescence XAFS of diluted metalloproteins have been emerging.

DOI： 10.5940/jcrsj.42.106

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Proton delivery in NO reduction by fungal nitric-oxide reductase - Cryogenic crystallography, spectroscopy, and kinetics of ferric-NO complexes of wild-type and mutant enzymes

H Shimizu, E Obayashi, Y Gomi, H Arakawa, SY Park, H Nakamura, S Adachi, H Shoun, Y Shiro

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 275 ( 7 ) 4816 - 4826 2000年2月

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記述言語：英語

DOI： 10.1074/jbc.275.7.4816

Web of Science

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一酸化窒素還元酵素P450norの機能解析

275 4816 - 4826 2000年

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2C1715 ヘム代謝系酵素ビリベルジンリダクターゼの構造

菊地晶裕, 朴三用, 宮武秀行, 城宜嗣, 孫丹宇, 佐藤道比古, 吉田匡

生物物理 40 ( 0 ) S122 2000年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.40.S122_3

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酸素センサータンパク質FixLのX線構造解析

301 415 - 431 2000年

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Magnesium(II) and zinc(II)-protoporphyrin IX's stabilize the lowest oxygen affinity state of human hemoglobin even more strongly than deoxyheme

G Miyazaki, H Morimoto, KM Yun, SY Park, A Nakagawa, H Minagawa, N Shibayama

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 292 ( 5 ) 1121 - 1136 1999年10月

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記述言語：英語

DOI： 10.1006/jmbi.1999.3124

Web of Science

PubMed

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Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a recombinant bacterial heme oxygenase (Hmu O) from Corynebacterium diphtheriae

GC Chu, SY Park, Y Shiro, T Yoshida, M Ikeda-Saito

JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY 126 ( 2 ) 171 - 174 1999年6月

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記述言語：英語

DOI： 10.1006/jsbi.1999.4122

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Zn(II)混成ヘモグロビンの機能と構造解析

292 1121 - 1136 1999年

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2PA020 酸素センサー蛋白質FixLの結晶構造解析

宮武秀行, 朴三用, 足立伸一, 田村浩二, 中村寛夫, 土屋輝昌, 飯塚哲太郎, 城宜嗣

生物物理 39 ( 0 ) S105 1999年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.39.S105_4

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COをエフェクターとする転写調節因子CooAにおけるヘムの配位子交換反応

中島洋, 青野重利, 城宣嗣, 宮武秀行, 朴三用

生物物理 38 ( 2 ) S36 1998年9月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

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Crystal structure of nitric oxide reductase from denitrifying fungus Fusarium oxysporum

SY Park, H Shimizu, S Adachi, A Nakagawa, Tanaka, I, K Nakahara, H Shoun, E Obayashi, H Nakamura, T Iizuka, Y Shiro

NATURE STRUCTURAL BIOLOGY 4 ( 10 ) 827 - 832 1997年10月

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記述言語：英語

DOI： 10.1038/nsb1097-827

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Crystal structure of nitric oxide reductase cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum

SY Park, H Shimizu, S Adachi, H Shoun, T Iizuka, Y Shiro

FASEB JOURNAL 11 ( 9 ) A795 - A795 1997年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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Crystal structure and reaction mechanism of nitric oxide reductase cytochrome P450nor

Y Shiro, SY Park, H Shoun

FASEB JOURNAL 11 ( 9 ) A773 - A773 1997年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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一酸化窒素還元酵素P450norのX線結晶構造解析

4 827 - 832 1997年

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Crystal Structure of Nitric Oxide Reductase Cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum

PARK S.-Y., SHIMIZU H, ADACHI S, IIZUKA T., SHIRO Y., SHOUN H., NAKAGAWA A., TANAKA I.

Keio journal of medicine 45 S64 1996年12月

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記述言語：英語

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一酸化窒素還元酵素チトクロムP450norのX線結晶構造解析

清水英明, 足立伸一, 朴三用, 城宜嗣, 飯塚哲太郎, 祥雲弘文

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 19 151 - 151 1996年8月

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記述言語：日本語

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Crystallization of Nitric Oxide Reductase Cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum

Sam-Yong Park, Shin-ichi Adachi, Hideaki Shimizu, Tetsutaro Iizuka, Yoshitsugu Shiro, Hiroshi Shoun, Atsushi Nakagawa, Isao Tanaka

Photon Factory Activity Report 13 ( Suppl ) 66 1995年

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記述言語：英語掲載種別：記事・総説・解説・論説等（国際会議プロシーディングズ）

DOI： 10.1107/S0108767396093762

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Works（作品等）

高熱菌チトクロムCYP119のX線結晶構造解析

1999年 - 2001年

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High Resolution Structural Origin of Thermostability

1999年 - 2001年

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Crystal Structure of Mg(I)-Fe(II)Hydrid Hemoglobin

1996年 - 2001年

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Mg(II)-Fe(II)混成ヘモグロビンのX線結晶構造解析

1996年 - 2001年

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一酸化窒素還元酵素P450norのX線結晶構造解析

1996年 - 2000年

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Crystal Structure of Cytochrome P450nor

1996年 - 2000年

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受賞

日本生化学会論文賞

2000年

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受賞国：日本国

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共同研究・競争的資金等の研究課題

新型コロナウイルスSARS-CoV-2のN蛋白質の構造解明による増殖機構解明

研究課題/領域番号：21H02449 2021年4月 - 2024年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

朴三用, 渡士幸一

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配分額：17550000円（直接経費：13500000円、間接経費：4050000円）

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光感受性タンパク質の多様な光反応機構解明

研究課題/領域番号：19H05779 2019年6月 - 2024年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型)

朴三用, 梅名泰史

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配分額：106470000円（直接経費：81900000円、間接経費：24570000円）

光によって感応、応答するタンパク質には、動物や植物などに広く分布する発色団を含み、生命維持に関与するなど重要な役割を果たすものが知られる。近年では、こうした光感受性タンパク質を利用して、細胞などの光操作する技術に応用され、これまでに多くの生理現象の解明に利用されてきた。中でも、光遺伝学は、細胞や組織の生理機能を明らかにするための非常に強力な研究手法であると同時に、疾病の治療への応用の観点からも注目されている。光活性化アデニル酸シクラーゼPACは、動物、植物で普遍的な情報伝達物質(cAMP、 cGMP)の生産を光で制御できる生体タンパク質で、生体内での光スイッチとして医学的な応用が期待される分子である。PACは、最初にミドリムシから発見され以後、複数の原核生物からも相同遺伝子が見出されていたが、いずれも原子レベルでの構造・機能解明までには至ってなかったが申請者によって、藍藻由来の光活性化アデニル酸シクラーゼ（OaPAC）における初めて原子レベルでの構造・機能解明に成功した。本研究では解明されたOaPAC光活性化メカニズムの構造科学的解明を基に、細胞内でのセカンドメッセンジャー光制御への光遺伝学の展開や、PACの酵素ドメイン改変によるcGMP光産生酵素の創出、更には脳病変発生などにおける発生学的疾病の機構解明と治療を光制御医学ツールとして基礎医学的研究を目指す。本年度ではOaPACに対して微結晶調製を大量作製し、XFEL（X線自由電子レーザー）を利用し、光感受性タンパク質の多様な光応答機構の解明を目指している。

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光遺伝学による光活性化アデニル酸シクラーゼ合成酵素（PAC）の創成

研究課題/領域番号：18H02413 2018年4月 - 2021年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

朴三用, 小山隆太

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配分額：17680000円（直接経費：13600000円、間接経費：4080000円）

PACは、最初にミドリムシから発見され以後、複数の原核生物からも相同遺伝子が見出されていたが、いずれも原子レベルでの構造・機能解明までには至ってない。本研究では解明されたOaPAC光活性化メカニズムの構造科学的解明を基に、細胞内でのセカンドメッセンジャー光制御への光遺伝学の展開や、PACの酵素ドメイン改変によるcGMP光産生酵素の創出による光制御医学ツールとして基礎医学的研究で、反応機構解明を向けてOaPACに対して微結晶調製を大量作製し、XFEL(X線自由電子レーザー) を利用し、光感受性タンパク質の多様な光応答機構の解明に成功した。

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精神疾患リスク遺伝子産物の構造生物学的研究

研究課題/領域番号：15K06980 2015年4月 - 2018年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C)

雲財悟, 朴三用, 小見山上

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配分額：5200000円（直接経費：4000000円、間接経費：1200000円）

SynGAP遺伝子は、ヒトの精神疾患リスク遺伝子の代表的なものの１つで、その遺伝子産物蛋白質の具体的な働きや構造、変異型SynGAPがどのような異常を引き起こすかなどの情報は、創薬など精神疾患治療法開発に重要であるため近年注目されている。本研究では、SynGAPおよびパートナー蛋白質のRap1Bを大腸菌発現系で大量に調製し、構造生物学的手法で研究を行った。結果、Rap1Bの結晶構造解析によりその詳細なスイッチ機構の解明に成功した。また、マラカイトグリーン法を利用して、SynGAPによるRap1BのGTPase活性促進を小スケールで測定できる系を確立した。

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インフルエンザRNAポリメラーゼのウイルス増殖における分子制御

研究課題/領域番号：25291016 2013年4月 - 2016年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

朴三用, 杉山佳奈子, 浦野健

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配分額：18330000円（直接経費：14100000円、間接経費：4230000円）

インフルエンザRNAポリメラーゼはウイルス増殖の中心的な役割を担っており、他のタンパク質と比べ変異が起こることが少ないため新規薬剤ターゲットとして注目されている。本研究ではRNAポリメラーゼの断片に結合するモノクローナル抗体を作製し、ウイルス増殖の阻害抗体の開発をする目的で、抗原としてウイルスの増殖を阻害PA11.9抗体作製に成功した。
また、PB2のRNA結合部位からの抗体の中から二つ結合確認が認められた。抗体PB2 3-1.6については、抗原タンパク質と強く結合する事が確認された。抗体は分子生物学的研究ツールでの診断試薬として使用可能として特許出願行った（特願2014-068824）。

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ウイルス感染現象における宿主細胞コンピテンシーの分子基盤

研究課題/領域番号：24115001 2012年6月 - 2017年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型)

永田恭介, 脇田隆字, 藤田尚志, 柳雄介, 小池智, 夏目徹, 佐々木顕, 朴三用, 竹安邦夫, 高折晃史, 荒瀬尚, 伊庭英夫, 小柳義夫

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配分額：53950000円（直接経費：41500000円、間接経費：12450000円）

本研究では、総括班として領域の研究推進を支援し、新たな研究概念の創出を支援することを目的とする。最終的には、病原性発現に帰結する宿主特異的なウイルス複製とそれに対抗する宿主防御メカニズムとの拮抗の分子基盤を理解し、ウイルス増殖の許容性／非許容性につながるウイルス側と宿主側の特性（感染コンピテンシー）を明らかにし、扱うウイルスを超えて共通概念を抽出する研究を支援し、そのための異分野協業を推進する。

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マイナス鎖ＲＮＡウイルスの複製におけるウイルスと宿主の攻防

研究課題/領域番号：24115002 2012年6月 - 2017年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型)

永田恭介, 朴三用, 川口敦史

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配分額：143130000円（直接経費：110100000円、間接経費：33030000円）

本研究の目的は、インフルエンザウイルスゲノムの機能制御に関わる宿主因子を同定し、それらの機能と分子構造を明らかにし、ウイルスの増殖と宿主生理機能の間で起こる宿主因子の奪い合いのメカニズムを明らかにすることである。
インフルエンザウイルスゲノム複製に関与する新規宿主因子として、pp32/APRIL、Prp18を同定した。また、複製後のウイルスゲノムはYB-1によって中心体へとリクルートされ、コレステロールに富んだRab11a陽性リサイクリングエンドソームを利用して細胞膜に輸送されることを明らかにした。これにより、ウイルスゲノムの輸送と細胞膜での粒子形成が協調的に制御されることを見出した。

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ヘモグロビンのアロステリック平衡の実体解明

研究課題/領域番号：23570197 2011年 - 2013年

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C)

柴山修哉, 朴三用

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配分額：5720000円（直接経費：4400000円、間接経費：1320000円）

蛋白質の活性調節機構は、ヘモグロビン（Hb）の事例を下敷きにして、T (tense)状態からR (relaxed) 状態への2状態転移で説明されてきた。しかし、肝心のHbでは２状態モデル的な理解が定量的に成功していないのが実状である。本研究では、Hbの4次構造変化を許容する過去に例のない結晶を作製し、９個の異なる4次構造とその酸素親和性を同一結晶型中で決定した。今回の結果は、Hbのアロステリック平衡が、今まで知られていなかったTとRの中間的な状態を含む多状態系からなることを強く示唆している。

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記憶・学習の形成に必須な神経細胞タンパク質複合体の構造生物学

研究課題/領域番号：23570145 2011年 - 2013年

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C)

雲財悟, 朴三用

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配分額：5460000円（直接経費：4200000円、間接経費：1260000円）

「記憶」や「学習」に重要な役割を果たすタンパク質複合体の形成機構を構造生物学の手法（X線結晶構造解析、超遠心分析など）を用いて理解する。シナプスに存在するNMDA型受容体の機能をコントロールしているNR2B分子と、関連する細胞内シグナル伝達タンパク質の相互作用、そして複合体の立体構造を調べる。シグナル伝達タンパク質Rap1分子の調製、および結晶化に成功した。Rap1分子がGTP analog分子との複合体を形成することをESI-massスペクトルを用いることによって確認した。GDP結合型、およびGTP analog分子結合型Rap1分子の高分解能結晶構造解析に成功した。

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セントロメア領域のクロマチン構造基盤の解析

研究課題/領域番号：23770008 2011年 - 2012年

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B)

立和名博昭, 胡桃坂仁志, 香川亘, 木村宏, 朴三用, 佐藤衛, 柴田武彦, 舛本寛, 大関淳一郎, 越阪部晃永, 堀越直樹, 有村泰宏, 宮優太, 松本亮平

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配分額：4680000円（直接経費：3600000円、間接経費：1080000円）

ゲノムDNAは、遺伝情報を担う重要な物質である。細胞の分裂に伴い、ゲノムDNAは正確に継承されなくてはならない。そのため、S期で複製され倍加したゲノムDNAを、2つの娘細胞に均等に分配する機構が存在する。この均等分配機構の詳細は明らかとなっていないが、ゲノムDNA上の領域であるセントロメア領域が重要な役割を果たしている。セントロメア領域のクロマチン構造が、セントロメア領域の機能発現に重要であると考えられている。本研究では、セントロメア領域に形成されるクロマチンの構造の解析を行った。

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BAM 複合体による細胞膜タンパク質輸送機構の解明

研究課題/領域番号：22370044 2010年 - 2012年

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

ジェレミーテイム, 朴三用, 雲財悟

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配分額：18980000円（直接経費：14600000円、間接経費：4380000円）

多剤耐性菌の出現により、抗生剤が効かない病原菌で社会的に大きな問題となっている。特にグラム陰性の病原菌が世界に広かっており、大きな問題になっている。そこで本研究では多剤耐性グラム陰性菌に有効な新規薬剤標的分子として BAM(β-barrel assembly machinery) 複合体の構造生物学的な基盤構築を行い、新規薬剤の開発を研究目的である。BAM 複合体はグラム陰性菌の外膜生合成で中心的な役割を担う装置であり、菌の生存に必須な機能を有する。しかし、新規薬剤開発のための構造基盤の情報は少なく、我々は、BamA-D をターゲットとし、発現系構築に成功し結晶化を試みたが、良好な結晶を得る事は出来なかった。そこで、我々は BamC と BamD の複合体での機能解析や、結晶化に成功した。BamC と BamD の X線小角散乱(small angle X-ray scattering)法や分析超遠心(AUC)により、溶液中での相互作用を確認する事が出来た。また、複合体での微結晶ながら X 線による反射点も確認する事が出来たが、構造決定までには結晶化の最適化が必要である。引き続き、結晶化条件の最適化と、Bam 機構解析を行う。

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インフルエンザウイルスRNAポリメラーゼPB1-PB2複合体の構造解析

研究課題/領域番号：21370046 2009年 - 2011年

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

朴三用, 福西快文

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配分額：19110000円（直接経費：14700000円、間接経費：4410000円）

インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼは、ウイルスの複製(増殖)に中心的な役割を担っている事や、他のタンパク質と比べ変異を引き起こす事は少ないため、新規薬剤ターゲットとして注目されて来た。インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼが持つ3つのサブユニットのうち、どれか1つのサブユニットでも欠けるとウイルスの増殖機構が失われる事に注目し、PB1/PB2のサブユニットの複合体での構造解明を行う事を目的と創薬の基盤構築である。本研究者は、RNAポリメラーゼPB1/PB2複合体のタンパク質を発現・精製し成功して、分解能1.7Aで解析に成功した。PB1/PB2の構造は、それぞれ3本の.-へリックスからなり、非常に強い疎水結合により、複合体を形成している。そのアミノ酸残期は、PB2ではIle4, Leu7, Leu10と、PB1では、Val715, Ile750が関与しており、こられの残期の変異体を作製し、mRNA活性を測定した結果、極めて低下する事が確認でき、in-silicoによる基盤構造を確立する事が出来た。

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セントロメア領域に特異的なヌクレオソームの結晶構造解析

研究課題/領域番号：21870038 2009年 - 2010年

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援

立和名博昭, 胡桃坂仁志, 香川亘, 木村宏, 朴三用, 佐藤衛, 志賀達也, 越阪部晃永, 宮優太, 松本亮平, 有村泰宏, 堀越直樹

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配分額：2756000円（直接経費：2120000円、間接経費：636000円）

本研究では、真核生物のセントロメア領域の主要な構成因子であるヒストンH3バリアントCENP-Aを含むヌクレオソームの立体構造を明らかにした。本構造解析によりCENP-Aヌクレオソームは各二分子のヒストンCENP-A、H4、H2AおよびH2Bからなるヒストン八量体にDNAが左巻きに結合していることが明らかとなった。またCENP-Aヌクレオソームでは、ヒストン八量体に安定に結合しているDNA の長さがH3ヌクレオソームと比べ約26塩基対短いことが分かった。この知見より、CENP-Aヌクレオソームが、セントロメア領域に特異的なDNA結合タンパク質のセントロメア領域への集積や、セントロメア領域に特徴的な高次クロマチン構造の形成に関与していることが示唆された。また、CENP-Aのloop1領域のアミノ酸がCENP-Aのセントロメア領域への安定的な局在に重要であることも構造生物学および細胞生物学的解析により明らかにした。

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タイマータンパク質EA4の計時機構解明を目指した研究

研究課題/領域番号：20657031 2008年 - 2009年

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究

柴山修哉, 朴三用

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配分額：3500000円（直接経費：3500000円）

1. 初期状態EA4のX線結晶構造解析
EA4はカイコ休眠卵の休眠打破に必要な冬期低温持続時間(5℃で約2週間)を計る機能を持つタイマータンパク質であり、室温の休眠卵中では時間読み停止機能を持つ38残基ペプチド(PIN)との複合体を形成することで時間読み開始前の初期状態に凍結されると報告されている。このような情報をもとに、カイコサナギ個体を宿主としたEA4とPINの共発現系を構築し結晶化スクリーニングを集中的に行った。しかし、複合体の構造解析にはまだ成功していない。これには理由がある。先ず、カイコ個体中ではPINが酵素分解を受け雑多な部分配列ペプチド集合体となり試料を複雑にしていること。また、試料中にPIN以外の未知のEA4結合性ペプチドが混在し、EA4・PIN複合体の形成効率を低下させていることである。本年度は、粗精製した共発現試料に対して大腸菌発現で作製したPINを大過剰に加え、25℃での限外濾過(分画分子量1万)を繰り返すことにより雑ペプチドを除去する方法を新たに取り入れた。ごく最近、この方法で精製した試料の微小結晶を得ることに成功した。現在、X線回折実験に適した大型単結晶の作製条件を検討している。また本年度は、上述の未知のEA4結合性ペプチドの全48アミノ酸配列を決定した。
2. 計時現象の計算機シミュレーション
EA4の時間読みは、低温刺激によりPINが解離することで始まり、10日以上の遅延相の後に一過性の鋭いATPase活性を発現することで終了する。この計時現象を説明する最も有力なモデルは、EA4分子内の銅イオンが配位子交換反応を経ながら活性中心までゆっくり移動し活性型に転移する「多段階逐次モデル」である。本年度は、このモデルの妥当性を計算機シミュレーションで検討した。その結果、実際のデータを再現するためには60以上の異なる段階を仮定する必要があることが分かった。これはかなり無理のある状態数であり、モデルの修正を検討中である。

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ドメイン間相互作用に元づいた可溶性グアニル酸シクラーゼのシグナル識別機構の解析

研究課題/領域番号：19510224 2007年 - 2009年

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C)

牧野龍, 城宜嗣, 朴三用

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配分額：4160000円（直接経費：3200000円、間接経費：960000円）

本酵素の一酸化炭素複合体の解析から、ヘム鉄に外来配位子が結合すると真性ヌクレオチド部位と擬ヌクレオチド部位は相互に作用し、それがYC-1等のアロステリック活性化剤の結合に重要であることが示された。また、これまで未検出であった酸素化型酵素を凍結状態で安定に補足することに成功し、その結合は擬ヌクレオチド部位へのYC-1の結合により制御されることを明らかした。その酸素親和性は異常に低く、その原因は速度論的には酸素解離速度の速さによること、構造的にはヘム面からのヘム鉄の大きな変位によることが示唆された

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病原性細菌由来オートトランスポーターの分泌機構と高次構造相関

研究課題/領域番号：19370045 2007年 - 2008年

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

JEREMY R.H.Tame, 朴三用, 雲財悟

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配分額：18460000円（直接経費：14200000円、間接経費：4260000円）

オートトランスポータータンパク質Heme Binding Protein (HBP)のパッセンジャードメイン立体構造解析に成功した。HBPの外膜貫通領域βバレルドメインとオートシャペロン部分の発現系構築に成功し、タンパク質の結晶化および立体構造解析に成功した。

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インフルエンザ菌由来ペニシリン結合タンパク質構造による新抗生物質の開発

研究課題/領域番号：19570109 2007年 - 2008年

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C)

朴三用, JEREMY Tame, 雲財悟

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配分額：4550000円（直接経費：3500000円、間接経費：1050000円）

細菌の細胞壁は、浸透圧や外界からの物理的損傷から自身を守り、成長や分裂時には盛んに生合成される組織の1つである。ペニシリンを代表とするβ-ラクタム系抗生物質は、もっとも古くから使用されてきた1つであり、主にグラム陰性菌に対して非常に有効で、現在も、最も多く使用されている抗菌剤である。本研究の目的は、インフルエンザ菌由来のPBPsの立体構造を解明し、新たなインフルエンザ菌の新抗生剤開発を行う予定である。

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膜結合型AAA-ATPase p47/p97複合体による細胞膜認識とその制御

研究課題/領域番号：15083206 2003年 - 2008年

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究

JEREMYR.H. Tame, 朴三用, 雲財悟

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配分額：80600000円（直接経費：80600000円）

(1)TRAPチューブ
E50CのみTRAPに変異導入したものとV69Cのみに変異導入したものをチューブの最小単位となるように作製した。これはTRAP同士がどのように結合しチューブとなるかをX線結晶構造解析により解明するためである。D8H、F32D、E50C、R66H、V69C(以下HCCDH)と、D8H、F32A、E50C、R66H、V69C(以下HCCAH)というように5箇所に変異を導入し、E50とV69に導入したシステインによりS-S結合を形成することを予想し設計した。
(2)TRAP-AT複合体
Bacillus subtilisの細胞質の中では、TRAP活性はanti-TRAPというタンパク質に制御されており、トリプトファンの不足している状態で、TRAPとantiTRAPは複合体を作る。したがって、RNA結合が阻害される。今まではどのようにTRAPとantiTRAPが相互作用しているか明らかではなかった。そのため、我々はこの複合体の結晶化を行い、結晶構造を決定した。
TRAP-antiTRAP複合体のX線結晶構造を決定した。結晶化とともに、TRAPは11量体から12量体になった。結晶対称軸とTRAPリング軸を合わせて、非対称単位が数個の分子しか含まない。それから、通常では大きい複合体は十分に分解能回折データを測ることができないが、今回は高い分解能のデータを測ることができた。

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NO標的酵素(可溶性グアニル酸シクラーゼー)のX線結晶構造解析

研究課題/領域番号：13780493 2001年 - 2002年

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B)

朴三用

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配分額：2200000円（直接経費：2200000円）

哺乳類の生体内において一酸化窒素(NO)は、一酸化窒素合成酵素(NOS)により、L-アルギニンと酸素分子より合成される。このNO分子は、血管拡張、筋弛緩、細胞の殺菌、記憶など、様々な生理的機能に関わる細胞間の情報伝達物質として働いている。生体内で合成されたNOは、細胞膜や組織中を自由に拡散して標的タンパク質と直接相互作用する。現在、知られているNOの標的タンパク質であるグアニル酸シクラーゼは、NOが結合するとGTPからセカンドメーッセンジャーであるcGMPを合成し、血管を拡張させる。しかしこのタンパク質にNOが結合したという情報が、どのように同じ分子内にあるcGMP合成部位に伝達されるのか?全く理解されていないことが現状である。そこで、本研究では、アニル酸シクラーゼの分子内情報伝達機構をX線結晶構造解析手法による解明することを目的とする。
酵素のX線結晶構造解析に向けて、大量に試料を調整を行って、単結晶作成条件の検索(現有クリスタルスクリーン等を用いる)を行った。その結果、硫安溶液とPEG4000の沈澱剤で結晶が得られた。酵素の結晶は5-6Åくらいの分解能を示した。また、構造解析に向いた良好な結晶化の条件ではないが、様々の結晶化条件の検索が必要であると考えられる。現在、クリスタルスクリーン以外の約800種類bufferを作製して、構造解析に向いた単結晶の条件を検索して行く。

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植物ホルモン(エチレン)センサー蛋白質の構造解析

研究課題/領域番号：12680666 2000年 - 2002年

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C)

城宜嗣, 中村寛夫, 朴三用

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配分額：3500000円（直接経費：3500000円）

エチレンは植物ホルモンとして、発芽、発根、実の熟成、落葉など、植物の生活環に深く関わっている。エチレンは植物細胞中に存在する受容体ETR1に結合することが、その生理活性発現の初発段階である。ETR1は二成分系と呼ばれる、生物に普遍的に存在する細胞内情報伝達系のセンサー蛋白質に属し、エチレン濃度を感知するセンサー部位とリン酸化活性を持つヒスチジンキナーゼ部位よりなっていることが分かっている。本研究では、ETR1のセンサー部位の存在するとされている銅(Cu^<1+>)がエチレン結合部位であることの直接的証拠を得ることは第一の目的とした。そのために、(1)三回膜貫通蛋白質であるETR1のセンサー部位を大腸菌で大量に発現する系を確立する、(2)その組み換えETR1センサー部位の精製法を確立する、(3)生化学的手法により蛋白質としての性質を調べる、以上の結果を基に、(4)エチレンの有無でX線吸収スペクトル(XAFS)を測定する、(5)XAFSの解析法を確立する、(5)単結晶作成を試みる、手順で研究を行った。約70%の精製度の組み換えETR1センサー部位を得る事が出来、CDスペクトル測定からαヘリックス含量を見積もる事が出来た。Cu-K-吸収端XAFSスペクトルがエチレンの有無で変化する事を見い出した。しかし、試料濃度が低いため、配位構造解析ができる程度の良質のスペクトルは得られなかった。そこで、量子化学計算DVXα法を用いて吸収端近傍のスペクトルから配位構造を推定する方法も開発し、いくつかの銅蛋白質(アズリン、プラストシアニンなど)の配位構造解析でテストした。単結晶作成は種々の条件で試みたが、微結晶は得られたが、単結晶までには至らなかった。一方、ETR1の属するセンサーヒスチジンキナーゼの一般的な性質を知るために、酸素センサー蛋白質FixLのセンサー部位と他のセンサー蛋白質のヒスチジンキナーゼのキメラ蛋白質を作成しその性質から、蛋白質内情報伝達の機構を議論した。同様の観点から、FixLの種々の変異体を作成した。

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一酸化窒素(NO)還元機構解明

研究課題/領域番号：11780434 1999年 - 2000年

日本学術振興会科学研究費助成事業奨励研究(A)

朴三用

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配分額：600000円（直接経費：600000円）

チトクロムP450norは、P450のスーパーファミリーにも関わらず、従来の機能である酸素一分子添加酵素として機能せず、一酸化窒素(NO)還元する機能を持っている(2NO+NADH+H^+→N_2O+H_2O+NAD^+)。前年度には、NO還元メカニズムを解明するため、機能に重要なアミノ酸である286SerをValとThrに置換した変異型P450norを調製して、活性測定及びX線の結晶構造解析を行って、NO還元メカニズムに関わる水素イオンのネットワックを特定することが出来た。今年は、それと共に、P450のI-helixに共通に保存されている243Thrに着目し、それの変異型を調整し、活性測定及びX線の結晶構造解析を行った。243Thrの変異型には、Asn,Ala,Valの3種類を調整し、NO還元活性測定を行った結果それぞれ、2%,3%,0%を示しており、NO還元に直接的に関わっていると考えられる。これらの変異型を高分解(ぞれぞれ1.4A分解能)のでX線構造解析を行った結果、NO分子からI-helixでの水素イオンのネットワックが切断せれており、NO還元に関わる電子供与体であるNADHの結合部位であると思われるところからのネットワックである。以上の結果から、NO還元メカニズムはに関わる電子は、I-helixの243Thrから、水素イオンの供給は286Serからくると推測でき、このネットワックより、NO分子を還元していると特定することが出来た。

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病気関連のタンパク質のX線結晶構造解析

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資金種別：競争的資金

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Crystal Structure about of Disease Protein

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資金種別：競争的資金

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Crystal Structure of EYA protein

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資金種別：競争的資金

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Crystal Structure of TIME protein

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資金種別：競争的資金

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Crystal Structure of Fish Hemoglobins

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時間を認識するタンパク質のX線結晶構造解析

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魚ヘモグロビンのX線結晶構造解析

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EYAタンパク質のX線結晶構造解析

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資金種別：競争的資金

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